房产证上登记为父亲和女儿共同共有，双方可通过书面协议明确约定各自份额。具体操作及注意事项如下：

1. 约定份额的法律依据
   根据《民法典》第297条，不动产共有人可协商确定共有份额。若未约定或约定不明，则视为共同共有（份额均等）。因此，父亲与女儿可通过签订书面协议（如《共有权份额约定书》）明确各自比例，例如父亲占60%、女儿占40%，或按其他比例分配。

2. 约定份额的生效条件

   • 形式要求：协议需采用书面形式，口头约定无效。
     
   • 内容要求：需明确房产地址、产权证号、双方身份信息及具体份额比例，避免模糊表述（如“按出资比例”需附出资凭证）。
     
   • 公证效力：协议可公证以增强证明力，但非强制要求。公证后，协议可直接作为产权变更的依据。

3. 约定后的产权变更登记

   • 办理流程：双方需携带身份证、房产证、份额约定协议至不动产登记中心，申请变更登记为“按份共有”，并注明各自份额。
     
   • 费用说明：仅需缴纳登记费（通常80元/套），无需缴纳税费（因份额转移不属于买卖或赠与）。

4. 未约定份额的潜在风险
   若未明确份额，未来处置房产（如出售、抵押）需全体共有人同意，可能引发纠纷。例如：

   • 父亲欲出售房产，女儿不同意，则无法单方完成交易；
     
   • 若一方债务涉及房产，法院可能拍卖整套房产，按均等份额分配价款。

建议：若父亲与女儿已就份额达成一致，务必签订书面协议并办理变更登记，以保障双方权益。如有其他疑问（如协议模板、税务筹划等），可直接向我咨询。