房产证上登记两个名字时，双方可以通过以下方式来约定各自的份额：
一、签订书面协议
- 协议内容：双方可以共同签署一份书面协议，明确各自在房产中所占的份额比例。例如，可以约定一方占60%，另一方占40%等。
- 法律效力：这份协议必须由双方亲自签字确认，以确保其具备法律效力。一旦协议生效，便对双方具有约束性，能够有效保障双方的权益。
二、在房产证上注明份额
- 提交申请：在办理房产证时，可以向房产管理部门提交一份书面申请，详细说明双方的份额情况。
- 注明份额：房产管理部门会根据相关规定和程序，在房产证上（如附记栏或约定栏）准确地注明双方的份额比例。
- 合规性要求：这一方式需要严格遵循房产管理部门的各项要求，确保办理过程的合规性。
三、默认情况
- 共同共有：如果双方没有明确约定份额，则一般会被视为共同共有，即双方对房产享有平等的权利。
- 后续处置：在日后进行房产处置等行为时，必须经过双方的协商一致。任何一方都不能单独决定房产的处置事宜。
四、法律依据
- 《民法典》物权编：若双方有约定，按约定确定份额，体现意思自治原则。
- 共同共有与按份共有规定：没有约定或约定不明的，除共有人具有家庭关系等外，视为按份共有。按份共有人对共有的不动产享有的份额，没有约定或约定不明的，按照出资额确定；不能确定出资额的，视为等额享有。
五、纠纷处理
- 按登记份额判决：如果房产证上注明了份额，且产生纠纷，法院一般会按登记份额判决。
- 出资比例或等额享有：如果未明确份额，法院会根据双方的出资比例或视为等额享有来判定。
综上所述，约定房产证上的份额可以通过签订书面协议或在办理房产证时注明来实现。明确的约定有助于避免日后可能出现的纠纷，保障双方的合法权益。