总公司签订合同，让分公司收款和开具发票，在一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性前提
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，包括收款和开票。这是分公司进行此类操作的基础法律条件。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接收款和开票的权利，此时需要总公司直接进行相关操作。
税法规定：
- 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致，即“三流合一”（合同流、资金流、发票流）。总公司与分公司之间的收款和开票行为必须符合这一要求，以确保税务合规。
- 分公司作为独立的纳税主体（如增值税一般纳税人或小规模纳税人），有权根据其实际发生的业务开具发票，但需确保开票内容与实际业务相符，避免虚开发票等违法行为。
二、具体操作要点
关于收款：
- 总公司应书面委托分公司代为收取款项，并明确委托收款的范围、期限等关键事项。这有助于明确双方的权利义务，避免后续纠纷。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为在总公司授权范围内进行。这有助于维护总公司的财务权益。
关于开票：
- 增值税发票：若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票；若不在同一县（市），则分公司代总公司收款开票需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
- 其他发票：分公司开具其他类型发票（如普通发票）时，同样需基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。虚开发票是严重的违法行为，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。
- 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。这些资料在税务检查时是重要的证明材料。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。这有助于在发生纠纷时维护双方的合法权益。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。
四、结论与建议
综上所述，总公司签订合同，让分公司收款和开具发票，在满足公司法、税法及相关行政法规的严格要求下是合法的。但为确保合规性，建议企业在实施前详细审查和评估具体的业务模式、合同条款等，并建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性。
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