一次结清的合同原则上可以分两次开发票，但需满足一定条件并履行相应手续。具体分析如下：

1. 合同约定层面：

   • 若合同中明确约定了发票开具方式（如“一次性开具全额发票”或“分批次开具发票”），则应严格按合同约定执行。若合同未明确约定，则双方可通过补充协议协商分两次开具发票的可行性。
   • 例如：合同总金额为100万元，若约定“验收后一次性开具100万元发票”，则分两次开具可能构成违约；若约定“按付款进度开具发票”，则分两次开具符合合同逻辑。

2. 税务合规层面：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票开具需与实际经营业务相符。若分两次开具发票的金额、时间与合同履行进度（如分期付款、分阶段验收）一致，且能提供相关证明材料（如付款凭证、验收单等），则税务上通常允许。
   • 风险提示：若分两次开具发票无合理商业理由（如虚构交易、调节税负等），可能被税务机关认定为“虚开发票”，面临罚款甚至刑事责任。

3. 操作建议：

   • 事前协商：与合同相对方书面确认分两次开具发票的具体安排（如时间、金额、条件等），避免后续纠纷。
   • 留存证据：保存合同、补充协议、付款记录、验收单等材料，证明分两次开具发票的合理性。
   • 税务申报：在分两次开具发票时，确保增值税申报表中的“销售额”与发票金额一致，避免税款计算错误。

总结：分两次开发票需以合同约定或双方协商一致为前提，并确保税务合规。若您有具体合同或操作场景，可进一步向我咨询细节，我会结合实际情况为您分析风险点。