结论：在竞争性磋商中，甲方提供合同清单，报价单位报价后，合同是可以约定为据实结算的，但具体能否这样约定以及约定的法律效果，需结合实际情况和法律规定来综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、合同自由原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容，包括结算方式。因此，从合同自由原则的角度出发，甲方和报价单位在合同中约定据实结算，是合法的，也是可行的。
二、据实结算的约定与合同清单的关系
合同清单的作用：合同清单通常是甲方为了明确采购或服务的内容、规格、数量等而提供的详细清单。它作为合同的一部分，为双方提供了明确的交易标的和交易条件。
据实结算的含义：据实结算是指根据实际发生的情况进行结算，即按照实际提供的服务或交付的货物数量、质量等，按照合同约定的单价或总价进行计算。
两者关系：在合同中约定据实结算，并不意味着合同清单就失去了作用。相反，合同清单可以作为据实结算的基础和依据。双方可以在合同中约定，以合同清单为基准，根据实际发生的情况进行调整和结算。
三、据实结算的约定需注意的问题
明确约定：双方应在合同中明确约定据实结算的具体方式、标准、程序等，以避免后续产生争议。例如，可以约定以甲方验收合格的数量为准进行结算，或者约定按照实际发生的费用进行结算等。
合法合规：据实结算的约定必须合法合规，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不得约定以非法手段获取的费用作为结算依据等。
公平合理：据实结算的约定应公平合理，不得损害任何一方的合法权益。例如，不得约定过高的单价或总价，或者约定不合理的结算方式等。
四、实际案例与法律后果
在实际操作中，如果双方在合同中明确约定了据实结算，并且该约定合法合规、公平合理，那么双方应按照约定履行结算义务。如果一方违反约定，拒不履行结算义务或提出不合理的要求，另一方可以依据合同约定和法律规定，要求其承担违约责任或采取其他法律措施。
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