若新法人已就任但公司未进行股权变更登记，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若新法人系通过股权转让成为法定代表人，但未办理股权变更登记

   • 法律后果：根据《公司法》第32条，股权变更需办理工商登记，未登记不得对抗善意第三人。即使新法人已实际控制公司，原股东仍可能被认定为法律上的股东，存在股权权属争议风险。
     
   • 处理方式：
     
     • 协商补办：要求公司或原股东配合签署股权转让协议，并共同向市场监管部门申请变更登记（需提交股东会决议、章程修正案等材料）。
       
     • 诉讼强制变更：若协商无果，可向法院提起“股东资格确认纠纷”诉讼，凭生效判决申请强制变更登记。
       

2. 若新法人系通过增资扩股成为法定代表人，但未办理股权变更登记

   • 法律后果：增资需修改公司章程并办理工商变更，未登记可能导致增资行为无效，新法人无法合法行使股东权利（如分红权、表决权）。
     
   • 处理方式：
     
     • 补正程序：要求公司召开股东会形成增资决议，签署增资协议，并完成验资、章程修改及工商变更登记。
       
     • 主张违约责任：若因公司或原股东故意拖延导致损失（如错过投资机会），可依据《民法典》第577条要求赔偿。
       

3. 若新法人系通过继承、赠与等非交易方式取得股权，但未办理变更登记

   • 法律后果：股权继承或赠与自事实发生时生效，但未登记仍无法对抗第三人，可能面临原股东擅自处置股权的风险。
     
   • 处理方式：
     
     • 公证继承/赠与协议：通过公证明确股权归属，再凭公证书要求公司办理变更登记。
       
     • 申请司法确认：若公司拒绝配合，可向法院申请确认股权归属，并凭判决书强制变更。
       

风险提示：无论何种情形，未办理股权变更登记均可能导致新法人无法实际行使股东权利，甚至引发公司内部治理纠纷。建议优先通过协商或法律途径督促公司完成变更登记，必要时可委托律师介入处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。