证人手机被扣押是否合法，需根据具体情况判断，但总体上必须满足一定条件并严格遵循法律程序。以下是对此问题的详细分析：
一、扣押的合法性及条件
关联性要求：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，侦查机关（如公安机关、人民检察院）在调查案件时，如果证人持有的手机中包含与案件有关的信息，且这些信息能够作为证据使用，证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪，那么有权对该手机进行扣押。
- 关键点：手机必须与案件存在实质性关联，否则不得随意扣押。这是为了保障证人的合法权益，避免对其正常生活和工作造成不必要的干扰。
必要性原则：
- 扣押手机应当是基于调查取证的需要，且没有其他更温和、更少侵犯权益的手段可以获取相同证据时，才考虑采取扣押措施。
- 举例：如果手机中存储了与案件直接相关的短信、通话记录、视频等证据，且存在被销毁、篡改或转移的风险，那么扣押手机可能是必要的。
二、扣押的法律程序
出示证件和手续：
- 侦查人员在进行扣押前，必须向证人出示工作证件和相应的法律文书，如搜查证、扣押决定书等，以表明执法的合法性和正当性。
制作扣押清单：
- 当场开列清单一式二份，详细记录被扣押手机的名称、型号、数量等信息，由侦查人员、见证人和证人签名或盖章。一份交给证人，另一份附卷备查，确保扣押物品的来源和去向清晰可查。
妥善保管与处理：
- 对扣押的手机应妥善保管，不得挪作他用。对不宜长期保存的物品，应按照有关规定处理。同时，应尽快查明手机与案件的关系，及时完成相关的调查取证工作。
三、证人权利保障
告知义务：
- 证人应被告知扣押的理由和依据，以及其对扣押提出异议的权利。这是保障证人知情权的重要体现。
申请退还：
- 证人应被告知如何申请退还扣押的手机。一旦确认手机中的信息与案件无关，或者已经完成了相关的调查取证工作，侦查机关应立即将手机返还给证人。
四、特殊情况下的考量
- 纪委扣押手机：
- 纪委作为党内监督机构，在调查涉嫌违纪的党员时，如果手机中存储了与违纪行为相关的关键证据，且存在被销毁、篡改或转移的风险，纪委在符合法定程序的前提下，也可以考虑采取扣押措施。但同样需要遵循关联性、必要性和程序合规性的原则。
- 注意：纪委的扣押行为也必须遵循法定程序和规定，确保被调查人的合法权益不受侵犯。
五、法律后果与建议
非法扣押的后果：
- 如果侦查机关或纪委非法扣押证人手机，可能面临法律责任，包括但不限于行政处分、民事赔偿等。同时，非法获取的证据也可能被排除在法庭之外，无法作为定案的依据。
建议：
- 如果您作为证人遇到手机被非法扣押的情况，可以首先要求侦查机关或纪委出示相关手续和证件，并了解扣押的理由和依据。
- 如果认为扣押行为不合法或侵犯了自己的合法权益，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，证人手机被扣押的合法性取决于手机与案件的关联性、扣押的必要性以及是否遵循了严格的法律程序。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。