公司要求员工将工资等款项打入公司指定账户后再收回的行为，通常是不合法的，且可能涉及多种法律问题。以下从不同角度对此进行分析：

一、从劳动法角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。公司要求员工将工资打入公司账户后再收回，实际上是在变相克扣或拖欠员工工资，这种行为违反了劳动法的规定。员工有权要求公司按时足额支付工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

二、从财务管理和税务角度

1. 财务管理：公司要求员工将款项打入公司账户后再收回，可能涉及公司财务管理的不规范。这种行为可能导致公司账目混乱，难以准确反映公司的真实财务状况，进而影响公司的决策和运营。
2. 税务问题：如果公司收回员工打入的款项并未进行正确的税务处理，如未申报纳税或虚假申报，那么公司可能面临税务违规的风险。税务部门有权对公司进行税务稽查，并要求公司补缴税款、滞纳金及罚款等。

三、从法律后果角度

1. 对员工的影响：员工如果按照公司的要求将款项打入公司账户后再收回，可能会面临工资被克扣或拖欠的风险。此外，如果公司因此涉及法律纠纷或违法行为，员工也可能受到牵连或影响。
2. 对公司的影响：公司如果采取这种不合法的方式管理员工工资或款项，不仅可能面临劳动监察部门的处罚和劳动仲裁的裁决，还可能影响公司的声誉和信誉度。在严重的情况下，公司甚至可能面临法律诉讼和刑事责任。

四、建议与措施

1. 员工方面：员工应当坚决拒绝公司的这种不合法要求，并保留好相关证据（如工资条、转账记录等）。如果公司坚持要求员工这样做，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
2. 公司方面：公司应当遵守劳动法等相关法律法规的规定，按时足额支付员工工资，并规范公司的财务管理和税务处理。如果公司确实需要员工配合进行某些财务操作，应当事先与员工进行充分沟通并征得员工的同意，同时确保操作的合法性和合规性。

综上所述，公司要求员工将工资等款项打入公司指定账户后再收回的行为是不合法的，且可能涉及多种法律问题。员工应当坚决拒绝这种要求，并维护自己的合法权益；公司也应当遵守相关法律法规的规定，规范自身的财务管理和税务处理。如果您在劳动工伤方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。