结论：公司因员工休息两天后请假一天就扣除三天工资的做法，一般是不合理的，具体分析如下：

一、从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有休息休假的权利，且工资应当按照实际出勤天数进行计算。如果员工在一个月内已经享受了法定的两天休息日，那么这两天是不应计入请假天数的，也不应因此扣除工资。员工请假一天，公司只能扣除这一天的工资，而不能额外扣除休息日的工资。

二、从公司规章制度角度分析

1. 规章制度合法性：公司的规章制度应当符合国家法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。如果公司的规章制度中明确规定了“休息两天后请假一天就扣三天工资”的条款，那么这一条款很可能是违法的，因为它侵犯了员工依法享有休息休假和获得劳动报酬的权利。
2. 规章制度合理性：即使公司的规章制度中规定了类似的条款，也需要考虑其合理性。如果这一规定过于苛刻，导致员工在请假时面临不合理的经济负担，那么这一规定也可能被视为不合理，从而不被法律所认可。

三、从实际操作角度分析

1. 工资计算方式：在实际操作中，公司应当按照员工的实际出勤天数来计算工资。如果员工请假一天，那么公司应当扣除这一天的工资，而不是额外扣除休息日的工资。如果公司采取了不合理的工资计算方式，员工有权向公司提出异议，并要求公司进行纠正。
2. 员工权益保护：如果员工认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的权益。

四、建议与提醒

1. 与公司沟通：如果员工遇到类似的情况，首先建议与公司进行沟通，了解公司的具体规定和做法，并尝试协商解决。
2. 保留证据：如果沟通无果，员工应当保留好相关的证据，如请假条、工资条等，以便在后续的法律程序中证明自己的权益。
3. 寻求法律帮助：如果员工认为自己的权益受到了侵犯，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结来说，公司因员工休息两天后请假一天就扣除三天工资的做法，一般是不合理的。员工有权依法享有休息休假和获得劳动报酬的权利，如果公司的做法侵犯了这些权利，员工可以通过法律途径来维护自己的权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。