结论：协议动迁超过90天后改为依法动迁，主要涉及的法律程序包括重新评估与确认拆迁合法性、制定或调整拆迁补偿方案、发布正式拆迁公告、实施依法动迁行为以及处理可能出现的争议与诉讼。以下是对这些法律程序的详细阐述：

1. 重新评估与确认拆迁合法性：

   • 法律依据：根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》等相关法律法规，拆迁行为必须基于公共利益的需要，并依法进行。若原协议动迁因故无法继续，改为依法动迁时，需重新评估拆迁项目的合法性，包括是否符合城市规划、是否经过必要的审批程序等。
   • 操作要点：拆迁方需向相关部门提交拆迁申请，并提供项目规划、土地使用证明、拆迁补偿方案等材料，以获取拆迁许可证或相关批准文件。

2. 制定或调整拆迁补偿方案：

   • 法律依据：拆迁补偿方案是拆迁过程中的核心文件，必须公平、合理，并符合法律法规的规定。若原协议动迁的补偿方案已无法适用，需依法制定或调整新的补偿方案。
   • 操作要点：拆迁方应与被拆迁方进行充分协商，根据房屋价值、搬迁费用、临时安置费用等因素，制定合理的补偿标准。补偿方案需经相关部门审核批准，并公示无异议后方可实施。

3. 发布正式拆迁公告：

   • 法律依据：拆迁公告是拆迁行为正式开始的标志，必须依法发布，并明确拆迁范围、拆迁期限、补偿方式等关键信息。
   • 操作要点：拆迁方需在拆迁范围内显著位置张贴拆迁公告，并通过媒体、网络等渠道进行广泛宣传，确保被拆迁方及时了解拆迁信息。

4. 实施依法动迁行为：

   • 法律依据：在拆迁公告发布后，拆迁方需按照法律法规的规定，依法实施动迁行为。这包括与被拆迁方签订拆迁补偿协议、支付补偿款项、协助搬迁等。
   • 操作要点：拆迁方应确保动迁行为的合法性，不得采取暴力、威胁等非法手段强迫被拆迁方搬迁。同时，应尊重被拆迁方的合法权益，及时解决搬迁过程中出现的问题。

5. 处理可能出现的争议与诉讼：

   • 法律依据：在拆迁过程中，可能会出现各种争议和纠纷，如补偿标准争议、搬迁期限争议等。这些争议和纠纷需依法通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
   • 操作要点：拆迁方应积极与被拆迁方进行沟通协商，寻求妥善解决方案。若协商无果，可依法向相关部门申请调解或仲裁，或向人民法院提起诉讼。在处理争议和纠纷时，应尊重法律程序，维护双方合法权益。

特别提醒：在整个依法动迁过程中，拆迁方应严格遵守法律法规的规定，确保拆迁行为的合法性和公正性。同时，被拆迁方也应了解自己的合法权益，积极维护自身利益。若遇到任何法律问题或纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。