结论：迟到了是否可以用年假抵扣并不算作迟到，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同或集体合同的约定。
分析说明：
公司规章制度：
- 许多公司会在其规章制度中明确规定，员工迟到、早退等行为是否可以通过年假、调休等方式进行抵扣。如果公司规章制度中有此类规定，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工迟到后，按照公司规定使用年假进行抵扣，通常不会被视为迟到。
- 然而，如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不允许用年假抵扣迟到，那么员工迟到后即使使用了年假，也可能仍然被视为迟到，并可能受到相应的纪律处分。
劳动合同或集体合同约定：
- 除了公司规章制度外，劳动合同或集体合同中也可能对迟到、年假等事项进行约定。如果合同中有明确规定，员工迟到后可以使用年假进行抵扣，并且这种抵扣方式不违反法律法规的强制性规定，那么员工使用年假抵扣迟到后，通常不会被视为迟到。
- 如果合同中没有相关规定，或者规定与员工期望的抵扣方式不符，那么员工迟到后使用年假进行抵扣可能会引发争议。
法律法规层面：
- 从法律法规的角度来看，年假是员工依法享有的休息休假权利，而迟到则是员工违反公司规章制度或劳动合同约定的行为。年假的使用通常与员工的休息休假需求相关，而迟到则与员工的工作纪律和出勤情况相关。因此，法律法规并没有直接规定迟到是否可以用年假进行抵扣。
法律建议：
- 对于员工：在迟到后想要使用年假进行抵扣时，应首先查阅公司的规章制度以及劳动合同或集体合同的约定，了解公司是否允许此类抵扣方式。如果公司允许，并且自己符合使用年假的条件，那么可以按照公司规定使用年假进行抵扣。如果公司不允许或者自己不符合使用年假的条件，那么应接受公司的纪律处分，并努力改进自己的出勤情况。
- 对于公司：在制定规章制度或签订劳动合同时，应明确规定迟到、年假等事项的处理方式，以避免因规定不明确而引发的争议。同时，公司也应加强对员工出勤情况的管理和监督，确保员工遵守公司的规章制度和劳动合同约定。
可能后果：
- 如果员工迟到后未经公司允许擅自使用年假进行抵扣，并且公司规章制度或劳动合同中明确规定此类行为属于违纪行为，那么员工可能会受到公司的纪律处分，如警告、罚款、降职等。
- 如果公司规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，那么员工和公司之间可能会因迟到是否可以用年假抵扣的问题产生争议。在这种情况下，双方应通过协商、调解或仲裁等方式解决争议。