用人单位扣押证件在绝大多数情况下是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律依据明确禁止扣押证件

根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一条款清晰界定了用人单位在招聘过程中的行为规范，明确禁止了任何形式的证件扣押行为。

二、扣押证件的法律后果

若用人单位违反上述规定，扣押了劳动者的证件，将面临法律制裁。根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条的规定，劳动行政部门将责令用人单位限期退还劳动者本人证件，并依照有关法律规定给予处罚。如果用人单位以担保或其他名义向劳动者收取财物，同样会受到劳动行政部门的处罚，包括责令退还、罚款以及可能的赔偿责任。

三、扣押证件对劳动者的影响

扣押劳动者的证件不仅严重侵害了劳动者的合法权益，还限制了劳动者的人身自由和择业自由。劳动者的身份证和其他证件是其个人身份和资格的重要证明，对于劳动者的日常生活和工作至关重要。因此，任何形式的扣押都是不可接受的。

四、特殊法定情形的说明

虽然存在一些涉及国家安全、公共安全的特殊行业以及基于司法或执法程序要求的特殊情况，但从普遍意义和严格法律界定来讲，这些并不构成单位随意扣押证件的常规合法依据。即便在这些特殊领域，也必须遵循极为严格的法定程序和时间限制等条件，一般企业日常运营中很难满足此类复杂且特定的要求。

五、劳动者的应对措施

当劳动者遭遇用人单位扣押证件的情况时，应勇敢站出来维护自己的权益。他们有权拒绝用人单位的非法要求，并可以向劳动行政部门投诉举报，要求用人单位返还证件并依法承担相应责任。劳动行政部门作为监管机关，将依法对用人单位的违法行为进行调查处理，保障劳动者的合法权益不受侵犯。

六、合法替代方案

为规避风险、降低损失，单位可以采取更加合理且合法的途径来替代扣押证件的做法。例如，单位可以要求员工在离职时归还公司财物，如公司产品、劳动工具、工作服装等。若员工确实给单位造成损失，单位可依法要求其进行赔偿。

综上所述，用人单位扣押员工证件的行为在绝大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益并积极维护，遇到此类情况时，勇敢站出来说“不”，并向劳动行政部门投诉举报。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。