法院会根据不同情况对第三人协助执行交付工程款后又提出异议的情形进行如下处理：

1. 若第三人提出的是对执行标的的实体权利异议：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，第三人在协助执行过程中，如果认为其对执行标的享有足以排除强制执行的权益，例如主张工程款所有权、优先受偿权等，可以向执行法院提出书面异议。
   • 法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定中止对该标的的执行；理由不成立的，裁定驳回。
   • 第三人对裁定不服，认为原判决、裁定错误的，依照审判监督程序办理；与原判决、裁定无关的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼（案外人异议之诉）。

2. 若第三人提出的是对执行行为的程序性异议：

   • 如果第三人认为执行法院在协助执行过程中的行为违反法律规定，例如执行程序违法、执行措施不当等，可以向执行法院提出书面异议。
   • 法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。
   • 第三人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。

3. 特殊情形下的处理：

   • 如果第三人在协助执行前已经与被执行人或申请执行人达成协议，且该协议不影响其他债权人权益的，第三人可以依据协议内容提出异议，法院将结合协议内容及法律规定进行审查。
   • 若第三人提出异议时，执行程序已经终结（如工程款已全部交付并分配完毕），第三人可能需通过其他法律途径（如提起新的诉讼）来主张其权益。

总结与建议：

• 第三人在协助执行后提出异议时，应明确异议的性质（实体权利异议或程序性异议），并准备充分的证据材料支持其主张。
• 法院在处理此类异议时，会严格依法审查，确保执行程序的合法性和公正性。
• 如果您作为第三人面临此类情况，或您是申请执行人、被执行人对此有疑问，欢迎直接向我咨询，我将根据具体情况为您提供详细的法律分析和建议。