结论前置：合同金额因过错扣款后能否开具全额发票，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同明确约定扣款后仍按原金额开票
   根据《民法典》第490条关于合同效力的规定，双方自愿达成的条款具有法律约束力。若合同中明确约定“即使因过错扣款，仍需按合同总金额开具发票”，则卖方应按约定履行开票义务。此时需注意：

   • 买方需按发票金额全额支付（扣除已扣款项后的实际支付部分可能通过其他方式处理，如冲抵后续合作款项）；
     
   • 卖方需确保扣款部分有合法依据（如合同约定的违约金、赔偿金条款），否则可能涉及虚开发票的税务风险（《税收征收管理法》第63条）。

2. 若合同未约定或约定不明，按实际交易金额开票
   根据《发票管理办法》第19条，销售商品或提供服务时，开票金额应与实际交易金额一致。若因过错扣款导致实际收款减少，卖方应按实际到账金额开具发票，而非合同原金额。例如：

   • 合同总价100万元，因质量问题扣款10万元，实际收款90万元 → 卖方应开具90万元发票；
     
   • 若强行开具100万元发票，可能被税务机关认定为“未按规定开具发票”（《发票管理办法》第35条），面临罚款或信用等级降级。

3. 特殊情形：扣款部分是否涉及增值税处理
   若扣款属于“价外费用”（如违约金、赔偿金），根据《增值税暂行条例》第6条，需并入销售额计算增值税。此时：

   • 若扣款已实际支付，卖方需按全额（原合同金额+价外费用）开具发票；
     
   • 若扣款未支付（如买方直接从货款中扣除），卖方需按实际收款金额+价外费用开具发票，并确保价外费用部分单独列示并计税。

实务建议：

• 签订合同时，建议明确约定“扣款是否影响开票金额”及“价外费用的处理方式”，避免争议；
  
• 发生扣款后，双方应留存书面证据（如扣款通知、协商记录），证明扣款的合法性及金额；
  
• 若对税务处理不确定，可向主管税务机关申请书面确认，降低风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。