在自然资源违法案件中，是否可以扣留违法人，需根据具体情况和法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、行政处罚与行政强制措施的角度
在自然资源违法案件中，如果违法人的行为违反了自然资源管理方面的法律法规，自然资源主管部门有权依法对其进行行政处罚，如罚款、没收违法所得、责令限期改正等。然而，行政处罚本身并不直接包括扣留违法人这一措施。扣留违法人通常属于行政强制措施的范畴，而行政强制措施的采取需要严格的法律授权和程序规定。
二、刑事案件的角度
如果自然资源违法案件涉嫌犯罪，如非法采矿罪、非法占用农用地罪等，那么公安机关将依法介入调查。在这种情况下，如果违法人符合刑事拘留的条件，如正在预备犯罪、实行犯罪或者在犯罪后即时被发觉，或者被害人或者在场亲眼看见的人指认他犯罪等，公安机关可以依法对其采取刑事拘留措施。刑事拘留是一种刑事强制措施，旨在保障刑事诉讼的顺利进行。
三、具体法律规定的考量
《中华人民共和国行政处罚法》：该法规定了行政处罚的种类和程序，但并未直接规定可以扣留违法人。行政处罚的目的是惩罚和教育违法者，而非限制其人身自由。
《中华人民共和国刑事诉讼法》：该法规定了刑事拘留的条件和程序。在自然资源违法案件涉嫌犯罪的情况下，如果违法人符合刑事拘留的条件，公安机关可以依法采取刑事拘留措施。
相关自然资源管理法律法规：如《中华人民共和国矿产资源法》、《中华人民共和国土地管理法》等，这些法律法规主要规定了自然资源的管理、保护和利用等方面的内容，对于违法行为的处罚也主要限于行政处罚范畴，并未直接规定可以扣留违法人。
四、实际操作中的注意事项
严格依法行事：无论是自然资源主管部门还是公安机关，在采取任何措施时都必须严格依法行事，确保程序的合法性和正当性。
保障违法人的合法权益：在采取任何措施时，都应保障违法人的合法权益不受侵犯，如告知其权利、提供法律援助等。
及时沟通与协调：在处理自然资源违法案件时，自然资源主管部门和公安机关应加强沟通与协调，确保案件的顺利处理。
总结来说，在自然资源违法案件中，是否可以扣留违法人取决于案件的性质和法律规定。如果案件仅涉及行政违法，通常不会扣留违法人；如果案件涉嫌犯罪且符合刑事拘留的条件，公安机关可以依法采取刑事拘留措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。