关于您提出的“申请确认劳动关系再诉二倍工资的时效问题”，这是一个涉及劳动法领域的重要且具体的问题。以下是我结合相关法律法规，为您提供的详细解答：

一、核心结论

二倍工资的诉讼时效通常为一年，但具体起算点和计算方式可能因地区实践和案件具体情况而有所不同。在劳动关系存续期间，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制；劳动关系终止后，则应在一年内提出仲裁申请。

二、法律依据与详细分析

1. 法律基础

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这是二倍工资支付的法律源头。

2. 时效规定

   • 依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。

3. 二倍工资的性质与时效起算点

   • 二倍工资差额属于用人单位因未依法与劳动者签订书面劳动合同而承担的法定惩罚性赔偿责任，非劳动报酬性质。因此，其时效起算点通常不适用“劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议”的特殊时效规定。
   • 对于未签劳动合同的二倍工资，时效从用人单位应支付二倍工资差额的最后一个月届满之日起计算一年。具体起算点可能因地区实践而有所不同，主要分为按月分别计算和整体计算两种方式。按月分别计算即每月应支付二倍工资的次月起逐月计算一年的仲裁时效；整体计算则是从二倍工资差额计算终了之日起算一年。

4. 时效的中断与中止

   • 中断：若劳动者在时效期间内向用人单位主张权利、向劳动监察部门投诉或用人单位同意履行义务，时效中断并重新计算。
   • 中止：因不可抗力或其他正当理由导致劳动者无法在时效期间内申请仲裁的，时效中止，待原因消除后继续计算。

三、实际应用中的注意事项

1. 关注时效规定：劳动者在主张二倍工资时，应密切关注时效规定，及时行使权利，避免因超过时效而丧失胜诉权。

2. 保留相关证据：劳动者应保留好工作证明、工资单、未签劳动合同的证明等相关证据，以支持自己的主张。

3. 了解地区实践：由于不同地区在二倍工资时效起算点的计算上可能存在差异，劳动者在主张权利前应了解当地的具体实践。

4. 寻求法律支持：如有疑问或需法律支持，建议咨询专业律师或法律援助机构，以更好地维护自身合法权益。

综上所述，申请确认劳动关系再诉二倍工资的时效问题涉及多个方面，包括法律基础、时效规定、二倍工资的性质与时效起算点、时效的中断与中止等。劳动者在主张权利时应全面了解这些规定，并根据自身情况选择合适的时机和方式维护合法权益。