在出勤天数不满但周末加班的情况下，工资的计算需综合考虑劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规，具体计算方法如下：
月薪制下的计算
- 月计薪天数法：根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，月计薪天数为21.75天。日工资的计算公式为：日工资=月工资收入÷月计薪天数。出勤工资则根据实际出勤天数计算，即：出勤工资=日工资×实际出勤天数。若周末加班，则加班工资需根据《劳动法》的规定，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。例如，员工月工资5000元，出勤18天，周末加班2天，则出勤工资为4138.02元（5000÷21.75×18），加班工资为919.54元（5000÷21.75×2×200%），总工资为5057.56元。
- 约定计薪天数法：若劳动合同或公司规定不同于21.75天的计薪方式，则按约定执行。例如，约定每月计薪天数为22天，员工月工资6000元，出勤20天，周末加班1天，则出勤工资为5454.55元（6000÷22×20），加班工资为545.45元（6000÷22×1×200%），总工资为6000元（此处为简化计算，未将加班工资单独列出加总，实际应为出勤工资与加班工资之和）。
扣除计算法
- 扣除计算法是将缺勤天数对应的工资从满勤工资中扣除。计算公式为：当月工资=满勤月工资-（日工资×缺勤天数），其中日工资基于月计薪天数计算。若周末加班，则加班工资需额外计算并加总。例如，员工满勤月工资为5000元，缺勤3天，周末加班1天，则当月工资为4310.34元（5000-（5000÷21.75×3）），加班工资为459.77元（5000÷21.75×1×200%），总工资为4770.11元。
时薪制下的计算
- 小时工资的计算公式为：小时工资=月工资收入÷（月计薪天数×8小时）。出勤工资则根据实际出勤小时数计算，即：出勤工资=小时工资×实际出勤小时数。若周末加班，则加班工资需按照不低于小时工资标准的200%支付。例如，员工月工资4000元，出勤160小时（其中周末加班16小时），则小时工资为22.99元（4000÷（21.75×8）），出勤工资为3678.4元（22.99×160-16（周末加班小时数按正常计算部分，实际应单独计算加班工资，此处为简化）），加班工资为735.68元（22.99×16×200%），总工资为4414.08元（实际计算中，应分别计算正常出勤工资与加班工资后加总）。
计件工资制下的计算
- 在计件工资制下，工资根据完成的合格产品数量或工作量计算，不受出勤天数直接影响。但若周末加班且完成了额外的工作量，则加班工资需根据完成的额外工作量或产品数量计算。例如，员工每件产品单价为10元，正常出勤完成100件，周末加班完成20件，则总工资为1200元（10×100+10×20）。
特殊情况处理与注意事项：
- 法定节假日：根据《中华人民共和国劳动法》，法定节假日期间用人单位应依法支付工资，视为出勤。若周末加班恰逢法定节假日，则加班工资需按照不低于日或小时工资标准的300%支付。
- 公司规定与劳动合同：工资计算方式应优先参考劳动合同中的约定，并了解公司相关规定，确保计算方式的合法性和一致性。若公司规定与法律法规相冲突，则以法律法规为准。
- 透明与沟通：公司应公开工资计算方式，员工有权对计算方式提出异议，并通过协商或投诉维护权益。在计算工资时，应确保计算过程的透明度和准确性。
总结与建议：
在出勤天数不满但周末加班的情况下，工资的计算需综合考虑多种因素。为确保工资的合法性和合理性，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定工资计算方式，并了解相关法律法规和公司规定。若遇到工资计算纠纷，可咨询专业律师或向劳动监察部门投诉以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。