周末加班迟到的情况，工资计算需要同时考虑加班工资和迟到扣款两个方面。
周末加班工资计算
首先，我们要明确周末加班工资的计算方法。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，周末（即休息日）加班又不能安排补休的，用人单位需支付不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%作为加班工资。具体计算方式如下：
- 计算公式：周末加班工资 = 加班工资计算基数 ÷ 21.75天 × 200% × 加班天数
- 加班工资计算基数：劳动合同中有约定的，按约定执行（不低于当地最低工资标准）；没有约定的，按照劳动者本人正常劳动应得的工资确定（包含计时工资、计件工资及奖金、津贴等货币性收入，但不包含加班工资）
迟到扣款规则
迟到属于违反用人单位考勤制度的行为，其处理通常依据用人单位的规章制度及劳动合同的约定。常见的迟到扣款方式包括按时间长短扣款或设立容忍上限等。重要的是，用人单位在制定迟到扣款规则时，必须确保内容合法、程序民主，并公示或告知劳动者，否则相关规则可能因违法而无效。
综合计算方法
在周末加班且迟到的情况下，工资计算应综合考虑加班工资与迟到扣款：
- 计算加班工资：根据周末加班时间和上述加班工资计算公式，计算出应支付的加班工资。
- 计算迟到扣款：根据迟到时间和用人单位的迟到扣款规则，计算出应扣除的工资。
- 最终工资：将加班工资与扣除的工资（如果有的话）进行相减，得出最终应支付的工资。
注意事项与争议解决
- 劳动合同约定优先：如果劳动合同中对加班工资和迟到扣款有具体约定，应按照劳动合同执行。
- 遵守法律法规：用人单位在制定规章制度时，应确保不违反国家法律法规，特别是关于劳动者权益保护的相关规定。
- 维护劳动者权益：劳动者应了解自己的权益，如认为用人单位的规定不合法或不合理，可通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径解决争议。
综上所述，周末加班迟到的工资计算是一个综合考量加班工资与迟到扣款的过程，需要用人单位和劳动者双方共同遵守相关法律法规和规章制度，确保工资的合理计算和支付，同时维护双方的合法权益。