被废标的公司确实有权对废标决定提出质疑，这是法律赋予的正当权利。以下从多个角度为您详细分析：

一、质疑的法律依据

1. 《中华人民共和国招标投标法》第六十五条：明确规定了投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律规定的，有权向招标人提出异议或依法向行政监督部门投诉。这为被废标的公司提供了提出质疑的法律依据。
2. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》：也进一步细化了投标人或其他利害关系人认为招标投标活动不符合法律、行政法规规定时，可以提出质疑的情形。
3. 《政府采购质疑和投诉办法》（财政部令第94号）第十一条：具体规定了供应商提出质疑的情形和程序，包括质疑的书面形式、提出时限等，为被废标的公司提供了操作指南。

二、可以质疑的情形

被废标的公司可针对以下具体情形提出质疑：

1. 采购文件问题：如技术规格、商务条款存在不合理的排他性，导致满足条件的供应商被排除在外。例如，招标文件中设置了不合理的资质要求或技术标准，使得某些具备实力的供应商无法参与竞争。
2. 采购过程问题：
   • 评标程序不公正，如评标委员会组成不合规、评审未遵循规定程序和标准。例如，评标委员会中存在与投标人有利害关系的人员，或者评审过程中未按照招标文件规定的评分标准进行打分。
   • 信息发布不规范，如关键要求表述不清或变更通知未及时传达。例如，招标文件中的关键条款存在歧义，或者招标人在招标过程中对招标文件进行了修改但未及时通知所有投标人。
3. 中标或成交结果问题：认为中标或成交结果存在错误或不合理，如中标公司存在违规行为或不符合条件。例如，中标公司提供的资质证明文件存在虚假内容，或者其报价明显低于其他投标人且无法合理解释。

此外，根据《中华人民共和国政府采购法》第三十六条，废标情形本身（如供应商不足三家、出现违法违规行为等）也可能成为质疑的对象。例如，招标人因供应商不足三家而废标，但被废标的公司认为招标人在招标过程中存在违规行为导致供应商数量不足。

三、质疑的程序和要求

1. 书面形式：质疑必须以书面形式提出，并包含供应商信息、质疑项目名称和编号、具体质疑事项及事实依据、相关证明材料等。这是为了确保质疑的严肃性和可追溯性。
2. 提出时限：一般应在知道或应知权益受损之日起7个工作日内（部分法规可能为10日）提出质疑。逾期可能不予受理，因此被废标的公司应及时行使自己的权利。
3. 提交对象：通常向采购人或采购代理机构提出。收到质疑后，采购方或代理机构需按程序处理并给予书面答复。这是为了确保质疑能够得到及时、有效的处理。

四、质疑的处理与后续措施

• 招标人或相关行政监督部门在收到质疑后，应及时审查并答复。这是为了保障质疑的公正性和透明度。
• 处理质疑期间，招标活动应暂停，以确保处理的公正性和有效性。这是为了避免在质疑处理过程中继续进行招标活动可能导致的进一步争议和损失。
• 若质疑成立，应采取纠正措施，如重新招标、修改招标文件等，以保障供应商的合法权益。这是为了确保招标活动的合法性和公正性，维护市场秩序。

五、注意事项

• 提出质疑时，应确保所提内容具有明确的事实和法律依据，避免虚假陈述。否则，可能承担相应的法律责任。
• 注意质疑的时限，以免因超过期限而丧失权利。因此，被废标的公司应及时关注招标活动的进展情况，并在知道或应知权益受损后尽快提出质疑。

综上所述，被废标的公司不仅有权对废标决定提出质疑，而且应当充分利用这一法律武器来维护自身的合法权益。在质疑过程中，应遵循法定程序和要求，确保质疑的合理性和有效性。如果您在质疑过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。