公司不按基本工资核算加班费是违法的。以下从法律背景、法律建议和可能的法律后果三个角度进行详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者加班时，应当按照以下标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 延长工作时间：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定休假日加班：法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
这里的“工资”通常指的是劳动者正常工作时间下的基本工资，加班费应当以此为基础进行计算。如果公司不按基本工资核算加班费，而是采用其他标准或方式，且该标准或方式低于法定标准，那么公司的行为就构成了违法。
二、法律建议
收集证据：
- 劳动者应首先收集与加班相关的证据，如考勤记录、加班申请单、排班表等，以证明实际加班时间。
- 同时，保留工资条或工资发放记录，以便对比实际支付的加班费用与按规定应得的加班费。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，劳动者可以选择与公司进行协商，指出加班费计算问题，并希望公司按法律规定进行调整。
- 协商过程中，劳动者应保持冷静理性，避免过激行为或言论，同时保留协商过程中的沟通记录作为后续维权的辅助材料。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 投诉时，劳动者需准备投诉材料，包括证据、个人身份证明、劳动合同等，并配合劳动监察部门的调查。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若劳动监察部门处理未能达到预期，劳动者可以向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请书，明确诉求并附上相关证据。
- 对仲裁结果不满意时，劳动者还可以在规定时间内向法院提起诉讼，通过法律程序来维护自己的合法权益。
三、可能的法律后果
公司面临行政处罚：
- 如果公司未按规定支付加班工资，劳动行政部门可责令公司限期支付加班工资，并可能按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
公司承担民事责任：
- 劳动者可通过劳动仲裁或诉讼方式要求公司支付加班工资及经济补偿。在劳动争议中，公司通常会被认定为存在过错，需承担相应的民事责任。
影响公司声誉和劳动关系：
- 公司的违法行为还可能影响其声誉和劳动关系，导致员工流失、招聘困难等问题。
总结：公司不按基本工资核算加班费是违法的，劳动者有权通过合法途径维护自己的权益。在维权过程中，劳动者应收集证据、与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等步骤来争取自己应得的加班费用。如果遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。