在交通事故中，对方车辆的停运损失保险公司是否承担，这个问题需要从多个方面来详细分析。
首先，我们要明确停运损失的定义和性质。停运损失是指因交通事故导致营运车辆无法从事相应经营活动所产生的合理损失，它属于间接财产损失。这种损失是由于侵权行为，即交通事故直接导致的财产利益的减少。
接下来，我们根据保险类型来具体分析：
交强险部分：
- 交强险主要赔偿交通事故中造成的第三方人身伤亡和直接财产损失。
- 停运损失，作为间接损失，通常不在交强险的赔偿范围内。交强险条款也明确将被保险机动车发生交通事故导致的停业、停驶等造成的损失列为责任免除范围。
商业三者险部分：
- 商业三者险的赔偿情况则取决于保险合同的具体约定。
- 大部分商业三者险条款将停运损失等间接损失作为免责事项，因为这类损失难以预估且具有不确定性。
- 如果投保人与保险公司特别约定将停运损失纳入赔偿范围，或者购买了相关附加险，并且符合保险合同约定，那么保险公司需要对停运损失进行赔偿。
此外，我们还需要考虑法律法规的规定：
- 根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因交通事故无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，属于交通事故财产损失赔偿范围。
- 同时，《机动车交通事故责任强制保险条款》也明确指出交强险不负责赔偿因交通事故导致的停业、停驶等间接损失。
在实际处理中，如果保险公司以停运损失为间接损失为由抗辩拒赔，受损方可以通过诉讼解决。法院会结合保险合同和法律法规来判定保险公司是否需要赔偿。
给您的建议：
- 如果您是营运车辆的车主，在购买保险时，请仔细研究合同条款，特别是关于停运损失赔偿的规定。
- 如果可能，与保险公司沟通协商，明确停运损失是否纳入赔偿范围，或者考虑购买相关附加险。
- 在发生交通事故后，及时向保险公司和侵权人提出索赔，并保留好行驶证、营运证、停运时间证明等相关证据。
- 如果双方无法达成一致，可以考虑通过法律途径解决争议。
综上所述，交通事故中的停运损失保险公司是否承担，主要取决于保险合同的约定、相关法律法规的规定以及实际案件情况。希望这个解答能够帮助您更好地理解这个问题。