结论前置：针对您提出的“合同约定监理超期三个月内不增加监理费，超过三个月如何计算超期费用”的问题，这主要取决于合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度给出的详细分析。
一、合同约定优先原则
合同有明确约定：
- 如果合同中已经明确规定了超过三个月后的超期费用计算方式，那么应当首先遵循合同中的约定。例如，合同可能规定“超过三个月后，每日按监理费总额的X%计算超期费用”。
- 在这种情况下，您只需按照合同约定的计算方式来确定超期费用即可。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确规定超过三个月后的超期费用计算方式，或者约定不明确，那么就需要考虑其他因素来确定超期费用。
二、相关法律法规的参考
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》中关于合同履行的原则，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中没有约定或者约定不明确，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
- 在监理合同中，如果超期费用的计算方式没有约定或约定不明，双方可以协商补充约定；如果协商不成，可以参照行业惯例或者类似合同的约定来确定。
行业惯例和类似合同：
- 在监理行业中，可能存在一些通用的超期费用计算方式或者行业惯例。您可以参考这些惯例或者类似合同的约定来确定超期费用。
- 例如，有些合同可能规定“超过三个月后，按照实际超期天数和监理人员的日工资标准计算超期费用”。
三、超期费用的具体计算方式（示例）
如果合同中没有明确约定超期费用的计算方式，且双方也无法协商达成一致，那么可以参考以下示例来计算超期费用：
假设情况：监理合同总额为10万元，监理期限为6个月，合同约定超期三个月内不增加监理费，超过三个月后按照实际超期天数和监理人员的日工资标准计算超期费用。监理人员的日工资标准为500元。
计算公式：超期费用 = 实际超期天数 × 监理人员日工资标准
示例计算：如果实际超期天数为10天，那么超期费用 = 10天 × 500元/天 = 5000元。
四、建议与注意事项
- 审查合同条款：在签订监理合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于超期费用的计算方式、支付时间等关键条款。
- 及时沟通协商：如果监理工作出现超期情况，双方应及时沟通协商，明确超期费用的计算方式和支付时间，以避免纠纷的发生。
- 保留相关证据：在监理过程中，双方应保留好相关证据，如监理日志、工作记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于合同纠纷领域的律师，我将竭诚为您提供专业的法律服务。