若对方公司因虚开行为被稽查，处理方式需结合具体情况分情况讨论，核心结论及处理建议如下：

1. 若您公司未参与虚开，仅为交易相对方

   • 配合调查义务：需按税务机关要求提供与对方公司交易的全部凭证（如合同、发票、付款记录、物流单据等），证明交易真实性。若未及时配合，可能被认定为“协助虚开”或面临行政处罚。
     
   • 自查风险点：重点核查与对方公司的交易是否符合商业逻辑（如价格是否明显偏低、交易频率是否异常），若发现对方存在虚开嫌疑，应立即终止合作并主动向税务机关报备。
     
   • 法律后果：若能证明自身无过错，通常不承担刑事责任，但可能因对方虚开发票导致进项税额无法抵扣，需补缴税款及滞纳金。

2. 若您公司实际参与虚开（如接受虚开发票、介绍虚开）

   • 刑事风险：虚开发票罪（刑法第205条）的立案标准为虚开税款数额1万元以上或致使国家税款被骗取5000元以上。若构成犯罪，直接负责的主管人员和其他责任人员可能面临3年以下有期徒刑或拘役，虚开税款数额巨大或特别巨大的，最高可处无期徒刑。
     
   • 行政处罚：即使未达刑事标准，税务机关可按《税收征收管理法》第63条，追缴税款、加收滞纳金，并处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款。
     
   • 补救措施：若在稽查阶段主动补缴税款、交代虚开事实，可能被认定为“自首”或“立功”，从轻或减轻处罚；若已进入刑事程序，可争取认罪认罚、退赃退赔等情节，争取缓刑或量刑优惠。

3. 若您公司被误认为参与虚开

   • 申诉途径：向税务机关提交书面申诉材料，包括交易真实性的证据（如资金流水、货物交付记录、第三方证明等），要求撤销稽查结论。
     
   • 行政复议/诉讼：若对税务处理决定不服，可在60日内申请行政复议，或6个月内直接向法院提起行政诉讼，通过法律程序纠正错误认定。

关键提醒：虚开行为涉及刑事犯罪，处理需谨慎。若您公司涉及此类问题，建议立即整理全部交易资料，评估法律风险，并制定应对方案。如有具体疑问，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。