双方协商一致，通常是可以销毁补充协议的，但需注意以下几点法律要点和操作建议：

1. 协商一致的法律效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体之间依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。双方协商一致销毁补充协议，实质上是对原合同或补充协议内容的一种变更或终止，这种变更或终止在双方达成合意的情况下是具有法律效力的。

2. 销毁前的确认事项：

   • 确认协议内容：在销毁补充协议前，双方应仔细核对协议内容，确保销毁的是正确的、需要终止或变更的协议版本。
   • 确认双方意愿：双方应明确表达销毁补充协议的意愿，并确保这种意愿是真实、自愿的，不存在欺诈、胁迫等情形。
   • 保留证据：虽然销毁协议，但建议双方在销毁前对协议内容进行拍照、复印或扫描留存，以备不时之需。同时，可以制作一份销毁协议的书面确认书，由双方签字确认销毁的事实和日期。

3. 销毁后的法律后果：

   • 协议终止：一旦补充协议被销毁，且双方已达成合意，该协议即终止，对双方不再具有法律约束力。
   • 原合同效力：销毁补充协议并不影响原合同的效力，除非双方另有约定或原合同因补充协议的终止而无法继续履行。
   • 潜在纠纷：如果销毁补充协议后，双方因原合同或补充协议的履行产生纠纷，留存的证据（如照片、复印件、扫描件或书面确认书）将有助于解决纠纷。

4. 特殊情况下的注意事项：

   • 涉及第三方权益：如果补充协议涉及第三方的权益，双方在销毁协议前应确保已获得第三方的同意或已妥善处理第三方权益问题。
   • 法定程序：某些特定类型的合同或协议，如涉及不动产、知识产权等，可能需要遵循特定的法定程序或办理相关手续才能终止或变更。在这种情况下，双方应咨询专业律师或相关机构，确保操作合法合规。

建议：在销毁补充协议前，双方应充分沟通、明确意愿，并保留好相关证据。如果涉及复杂情况或不确定如何操作，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。