结论：员工离职后还来公司闹，公司发正告函既可以由人事部发，也可以由法务部发，但更推荐由法务部或联合人事部共同发出，具体取决于公司的内部架构、正告函的内容性质以及公司的实际需求。
分析说明：
人事部发出的考量：
- 人事部通常负责员工关系管理，包括员工入职、离职、考勤、薪酬等日常事务。在员工离职后还来公司闹的情况下，如果问题主要涉及员工关系、离职手续、薪酬结算等人事相关事务，且情况相对简单，没有涉及复杂的法律问题，那么由人事部发出正告函是合理的。
- 人事部发出的正告函可以侧重于提醒员工遵守公司规章制度，尊重离职后的行为规范，以及明确公司对于此类行为的立场和态度。
法务部发出的考量：
- 法务部是公司处理法律事务的专门部门，负责合同审查、法律风险防控、法律纠纷处理等工作。在员工离职后还来公司闹，且涉及诽谤、骚扰、侵犯公司权益等法律问题时，由法务部发出正告函更为合适。
- 法务部发出的正告函可以更具法律威慑力，明确告知员工其行为可能构成的法律后果，以及公司将采取的法律措施，如报警、起诉等。
联合发出的考量：
- 在某些情况下，员工离职后闹事可能同时涉及人事和法律问题，此时由人事部和法务部联合发出正告函可能更为恰当。
- 联合发出的正告函可以既体现公司对员工关系管理的重视，又展示公司对法律风险的防控能力，从而更有效地解决问题。
法律建议：
- 在决定由哪个部门发出正告函时，公司应首先评估问题的性质和严重程度，以及公司内部的架构和资源分配。
- 如果问题主要涉及人事事务且相对简单，可以由人事部单独发出正告函；如果问题涉及法律问题或可能引发法律纠纷，建议由法务部或联合人事部共同发出。
- 正告函的内容应明确、具体、合法，避免使用过于激烈或模糊的语言，以免引发不必要的法律纠纷。
- 在发出正告函前，公司应确保已收集足够的证据来支持其立场和主张，以便在必要时采取进一步的法律措施。
后续行动建议：
- 如果员工在收到正告函后仍然继续闹事，公司应考虑采取进一步的法律措施，如报警、起诉等，以维护公司的合法权益。
- 公司也应反思其内部管理是否存在漏洞或不足，以便及时改进和完善相关制度，防止类似事件再次发生。
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