结论：职务侵占案中，即使被害人撤诉，后期司法机关仍可能继续起诉并追究刑事责任。以下从不同角度详细分析：

一、职务侵占罪的公诉性质决定案件主导权在司法机关

1. 法律定性：职务侵占罪属于公诉案件，由检察机关代表国家提起公诉。根据《刑法》第二百七十一条，该罪名侵犯的是公司、企业或其他单位的财产所有权，具有社会危害性，因此案件的起诉和推进不取决于被害人的意志。
2. 司法程序独立性：一旦案件进入公诉程序，主导权即转移至司法机关（公安机关、检察院、法院）。被害人（单位或个人）的撤诉意愿不影响司法程序的推进。例如，即使被害人出具书面撤诉申请，司法机关仍会依据证据和法律规定决定是否继续追诉。

二、被害人撤诉不影响刑事责任的追究

1. 公诉案件的不可撤性：在侦查阶段，若公安机关发现证据不足或情节显著轻微，可能撤销案件；审查起诉阶段，检察院可因犯罪情节轻微或证据不足作出不起诉决定；审判阶段，若符合法定条件（如犯罪已过追诉时效），法院可终止审理。但这些决定均由司法机关依法作出，而非基于被害人撤诉。
2. 量刑依据：根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪的量刑标准根据侵占金额分档处理：数额较大处三年以下有期徒刑或拘役；数额巨大处三年以上十年以下有期徒刑；数额特别巨大处十年以上有期徒刑或无期徒刑。司法机关会根据证据链完整性、犯罪构成要件满足程度及法定量刑情节决定是否判刑，而非被害人撤诉。

三、特殊情形下的例外分析

1. 刑事自诉案件的例外：在极少数情况下，如果职务侵占行为情节轻微且符合刑事自诉条件（如侵占财物数额较小、未造成严重后果），被害人可直接向法院提起自诉。此时，被害人在宣告判决前有权同被告人自行和解或撤回自诉。但这种情况在职务侵占案中极为罕见，因为大多数案件达到了需要动用刑事公诉程序处理的程度。
2. 附带民事诉讼的撤诉：在职务侵占的刑事诉讼过程中，被害人可提起附带民事诉讼，要求返还侵占财物并赔偿损失。对于附带民事诉讼部分，原告（被害人）有权在法院判决前申请撤诉。但这是基于民事诉讼中的处分原则，不影响刑事责任的追究。

四、法律建议

1. 对被告人的建议：若您涉及职务侵占案件，不要寄希望于被害人撤诉来逃避刑事责任。应尽快委托专业律师，全面梳理案件证据，评估犯罪情节和量刑风险，制定有效的辩护策略。
2. 对被害人的建议：若您是职务侵占案的被害人，即使您希望撤诉，也应了解司法机关可能继续追诉的情况。您可以配合司法机关提供证据，维护自身合法权益，同时考虑是否提起附带民事诉讼以追回损失。

总结：职务侵占罪的刑事责任追究独立于被害人的意志。即使被害人提出撤诉请求，只要犯罪事实成立且符合起诉条件，司法机关仍将依法追究刑事责任。若您涉及此类案件，可直接向我咨询具体法律问题。