已开具发票后作废是否违法需分情况讨论，关键在于作废的合法性及是否符合税法规定，具体分析如下：
符合法定作废条件的，不违法
根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票作废需同时满足以下条件：
- 开具当月内：仅限发票开具当月内作废，跨月需通过红字发票冲销；
- 未认证未抵扣：收票方未将发票用于申报抵扣或认证；
- 内容错误：因发票内容填写错误（如金额、税号、项目等）需重新开具；
- 双方协商一致：需与收票方沟通确认，避免对方已入账导致税务风险。
若完全符合上述条件，作废行为合法，不涉及违法问题。
不符合法定条件作废的，可能违法
若存在以下情形，作废行为可能被认定为违法：
- 跨月作废：未通过红字发票程序，直接作废已跨月发票，可能被税务机关认定为“未按规定开具发票”；
- 虚假作废：为逃避纳税义务，虚构业务或与收票方串通作废发票，可能构成“虚开发票”或“偷税”；
- 未告知收票方：单方作废发票导致对方无法抵扣税款或入账，可能引发民事纠纷或税务处罚。
此类行为可能面临罚款、滞纳金，情节严重的甚至涉及刑事责任（如虚开发票罪）。
实务建议
- 严格审核作废条件：作废前核对发票是否满足法定要求，避免随意操作；
- 留存作废依据：保存作废说明、双方沟通记录等证据，证明作废合理性；
- 及时处理跨月问题：若需冲销跨月发票，务必通过红字发票流程操作；
- 咨询税务机关：对作废规则不熟悉时，可提前向主管税务局确认操作合规性。
总结：发票作废的合法性取决于是否符合税法规定，符合条件则合法，否则可能面临行政或刑事风险。建议企业规范发票管理流程，避免因操作不当引发法律纠纷。如有具体案例或疑问，可进一步向我咨询。