让员工先开发票再作废，如果涉及虚开发票，则是违法的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 虚开发票的法律后果

1. 违法性：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，任何单位和个人不得有下列虚开发票行为，包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票。先开发票再作废，如果目的是为了虚构交易或虚报税额，即构成虚开发票，是违法的。
2. 法律责任：虚开发票的，由税务机关没收违法所得，并可以处以罚款；情节严重的，还可能面临刑事责任。

二. 公司管理层的责任

1. 指示责任：如果公司领导明知或应知此行为违法，仍指示员工执行，那么领导也应承担相应的法律责任。
2. 管理责任：公司有责任确保财务和税务管理的合规性，领导作为管理者，应对此类行为进行监督和管理。

三. 员工的应对

1. 拒绝执行：如果员工认为领导的指示违法，有权拒绝执行，并可以向公司相关部门或税务机关举报。
2. 自我保护：员工在执行领导指示时，应保留相关证据，如邮件、聊天记录等，以便在必要时证明自己的无辜。

我建议，如果你认为领导的指示涉及虚开发票，应明确拒绝执行，并寻求公司内部合规部门的帮助。如果公司不予理会，你可以向税务机关举报此违法行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。