违法行为在二年内未被发现的，一般不再给予行政处罚，这里的“发现”指的是行政机关的发现，法院发现并不影响该原则的适用，但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，该期限延长至五年。以下是对这一问题的详细解释：

一、一般原则

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被行政机关发现的，不再给予行政处罚。这一规定旨在保护当事人的合法权益，避免长期悬而未决的法律纠纷，同时也促使行政机关及时高效地行使职权。这里的“发现”主体是行政机关，而非法院。因此，即使违法行为在二年内未被法院发现，但只要行政机关也未发现，且不涉及特殊情形，那么之后将不再对该违法行为进行行政处罚。

二、特殊情形

对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述的二年期限将被延长至五年。这是因为这类违法行为的社会危害性较大，需要更长时间的法律追诉期以确保公共利益得到有效保护。例如，某制药企业生产的不合格药品对消费者造成了健康损害，即使该行为在二年内未被发现，但在五年内被查实，仍可受到行政处罚。

三、期限的计算方式

上述期限的计算通常从违法行为发生之日起开始。但如果违法行为是连续或继续状态的，即从第一次违法行为开始到最后一次违法行为结束之间是一个不间断的过程，那么期限的计算则应从行为终了之日起算。例如，某企业持续数月偷排污水，那么追溯期限将从其停止偷排污水的日期开始计算。

四、法院发现的影响

法院在审判过程中发现违法行为，并不改变行政处罚的追诉时效原则。法院的角色是审判机关，其职责是审理案件并作出判决，而不是发现违法行为并给予行政处罚。行政处罚的发现和执行主体是行政机关。因此，即使法院在审判过程中发现了违法行为，只要该行为在二年内（或涉及特殊情形下的五年内）未被行政机关发现，行政机关通常也不会再对该行为进行行政处罚。当然，如果法院在审判过程中发现行政机关已经对违法行为进行了处罚，且处罚决定合法有效，那么法院将不会重复进行处罚。

五、建议

由于“两年未发现”原则及其例外情况在行政处罚中具有重要意义，当事人在面临相关问题时应充分了解法律规定，确保自己的合法权益得到保护。如果您有任何关于行政处罚或政府信息公开方面的法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供准确的法律意见和帮助。