结论前置：关于合同约定承包人到期申请返还质保金，如未申请诉讼时效是否起算的问题，需分情况讨论，一般情况下，若承包人未在约定时间申请返还质保金，诉讼时效通常不会单纯因未申请而直接起算；但在特定情形下，诉讼时效可能起算或存在其他影响时效计算的因素。以下为详细分析：

1. 诉讼时效起算的一般原则
   根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在合同约定承包人到期申请返还质保金的情境中，若承包人未在约定时间提出申请，这本身并不直接等同于其“知道或应当知道权利受到损害”。因为未申请返还可能出于多种原因，如承包人暂时不需要该笔资金、双方正在就质保金的其他事宜进行协商等，此时承包人可能并未意识到其权利受到了损害。因此，在一般情况下，仅因承包人未申请返还质保金，诉讼时效不会直接起算。

2. 诉讼时效起算的特殊情形

• 合同明确约定未申请即视为放弃权利或权利受损：如果合同中明确约定，若承包人未在约定时间内申请返还质保金，则视为其放弃该权利或视为其权利已经受到损害，那么在这种情况下，诉讼时效可能会从约定的申请期限届满之日起开始计算。
  
• 承包人通过行为表明其放弃权利：如果承包人通过实际行动（如明确表示不再要求返还质保金、将质保金用于抵扣其他费用等）表明其放弃返还质保金的权利，那么诉讼时效可能会从承包人明确表示放弃之日起开始计算。
  
• 质保金返还条件已成就且承包人应知：如果质保金返还的条件已经成就（如工程已经验收合格、质保期已经届满等），且承包人应当知道这些条件已经成就，但因其自身原因未申请返还，那么在某些情况下，法院可能会认为诉讼时效已经起算。不过，这需要根据具体案件情况和相关证据来判断。

1. 诉讼时效中断与延长的情形
   即使诉讼时效已经起算，也可能因某些法定事由而中断或延长。例如，如果承包人在诉讼时效期间内向发包人提出了返还质保金的请求，或者发包人同意返还质保金等，都可能导致诉讼时效的中断。此外，如果因不可抗力或其他正当理由导致承包人不能在诉讼时效期间内行使请求权，诉讼时效还可以依法延长。

建议：对于此类问题，建议承包人在合同约定的质保金返还期限届满后，及时关注自己的权利状况，并根据实际情况采取相应的法律措施。如果承包人认为自己的权利受到了损害，且担心诉讼时效问题，可以及时向发包人提出返还请求或咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。