当合同损害第三人利益时，这是一个涉及法律复杂性和多方权益的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、合同无效或部分无效的法律基础
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若合同双方恶意串通，损害他人合法权益，该合同或合同中的相关部分将被视为无效。例如，若甲和乙恶意串通，低价转让丙应继承的房产，丙完全有权向法院提起诉讼，请求确认该合同无效。此外，如果合同只是部分内容损害了第三人权益，且不影响其他部分的效力，那么其他部分仍然有效，但法院也可能根据具体情况对合同进行变更，以消除对第三人权益的损害。
二、第三人的权利主张途径
提起诉讼：第三人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求确认合同无效。在此过程中，第三人需要提供充分的证据，证明合同双方存在损害其利益的主观恶意及实际损害等事实。
申请参加诉讼：若合同双方因合同纠纷已进入诉讼程序，且该诉讼结果可能影响第三人利益，第三人可以申请作为有独立请求权或无独立请求权的第三人参加诉讼，以维护自身权益。
仲裁途径：如果合同中有仲裁条款，且符合仲裁规则，第三人也可以选择通过仲裁程序来主张自己的权利。但需要注意的是，仲裁与诉讼只能选择其一。
三、侵权责任承担
若合同当事人的行为构成了对第三人的侵权，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，第三人可以要求合同当事人承担停止侵害、赔偿损失等侵权责任。例如，若甲擅自许可乙使用丙的专利技术，丙有权要求甲和乙承担侵权责任。
四、法院的综合考量与处理方式
在处理合同损害第三人权益的问题时，法院会综合考虑多个因素，包括是否存在真实的第三方权益损害、损害的严重程度、合同双方当事人在签订合同时是否知晓这种损害情况，以及维护交易秩序和公平的需要。法院会全面审查合同的签订背景、双方意图、合同条款及对第三人利益的影响，以判断合同是否有效。若合同被确认无效，行为人应返还因该行为取得的财产；不能返还的，应折价补偿。有过错方应赔偿对方因此遭受的损失；双方都有过错的，各自承担相应责任。
五、实际操作建议与预防措施
为避免合同损害第三人权益的问题，建议在签订合同前进行充分的调查和审查，确保合同内容不侵犯他人的合法权益。同时，可以考虑在合同中增加保护第三人利益的条款。若遇到此类问题，应及时咨询专业律师，以便采取适当的应对措施和解决方案。在法律诉讼之前，也可以尝试通过协商或调解解决纠纷，以节省时间和成本，并维护各方关系。
综上所述，合同损害第三人利益是一个复杂而重要的法律问题，需要综合考虑多个法律知识点和实际应用场景。通过准确理解和应用相关法律法规，我们可以有效保护第三人的合法权益，维护交易的公平和正义。