针对您提出的问题，即公司要解除员工但员工还差三个月才满一年的情况下经济补偿如何计算，以下是我根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定给出的详细解答：

首先，我们需要明确经济补偿的基本原则，这主要取决于员工在公司的工作时间：

1. 如果员工在公司的工作时间不满六个月：

   • 在这种情况下，如果符合支付经济补偿的情形（即非员工过错导致的辞退），公司应向员工支付半个月工资作为经济补偿。
   • 这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。如果员工工作时间不满十二个月，则按实际工作的月数来计算平均工资。

2. 如果员工在公司的工作时间在六个月以上但不满一年（即您所描述的情况，差三个月满一年也属于此范畴）：

   • 公司需按照一个月工资的标准向员工支付经济补偿。
   • 同样，这里的“月工资”也是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，若工作时间不足十二个月，则按实际工作的月数计算。

接下来，我们还需要考虑一些特殊情况下的经济补偿：

• 高薪员工的补偿限制：如果员工的月工资高于当地月平均工资的三倍，那么向其支付经济补偿的标准应按职工月平均工资三倍的数额来支付。同时，支付经济补偿的年限最高不超过十二年。不过，这一规定在您所描述的情况下（员工工作时间不足一年）通常不会直接涉及。

• 员工过错导致的辞退：如果员工因自身过错（如严重违反公司规章制度、失职等）导致被辞退，那么公司则无需支付经济补偿金。这一点在判断是否需要支付经济补偿时至关重要。

在实际操作中，公司还需要注意以下几点：

• 准确计算月工资：确保月工资的准确性，包括基本工资、奖金、津贴等所有应计入工资的收入。

• 了解当地月平均工资标准：对于可能涉及高薪员工补偿的情况，需要了解并遵循当地月平均工资的三倍标准。

• 区分辞退原因：在决定是否支付经济补偿时，应明确辞退的原因，确保决策的合法性和合理性。

综上所述，对于您所描述的情况（员工差三个月满一年被公司解除），如果符合支付经济补偿的情形，公司应按照一个月工资的标准向员工支付经济补偿。希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律规定和实际操作流程。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询专业律师。