公司辞退员工时，经济补偿的月工资基数原则上应包含劳动者应得的所有货币性收入，但加班费在单独计算经济补偿金时通常不被额外计入，不过公司仍需依法支付员工应得的加班费。以下是对这一问题的详细分析：

一、经济补偿的计算与加班费的关系

1. 经济补偿的计算标准：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
   • 这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。但需要注意的是，在计算这一平均工资时，虽然加班费属于劳动者的劳动报酬，但在确定经济补偿金的具体数额时，通常不将其额外计入。不过，若劳动者的月工资（含加班费）高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按此三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。

2. 加班费的独立支付：

   • 加班费是公司按照法律规定应单独支付给员工的劳动报酬部分，其计算依据《劳动法》第四十四条的规定进行，具体分为三种情况：延长工作时间支付不低于工资的150%；休息日工作且不能安排补休支付不低于工资的200%；法定休假日工作支付不低于工资的300%。
   • 加班费不属于辞退补偿的范围，即使在经济补偿金计算中未直接计入加班费，公司仍需确保按照实际加班情况足额支付加班费。

二、加班费的计算方法

1. 工作日加班：

   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数÷21.75÷8×加班小时数×150%。
   • 其中，21.75天为平均每月计薪天数。

2. 休息日加班：

   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数÷21.75×加班天数×200%。
   • 若公司能安排补休，则无需支付加班费。

3. 法定休假日加班：

   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数÷21.75×加班天数×300%。
   • 法定休假日加班，公司必须支付加班费，且不能安排补休。

三、工资基数的确定方法

• 劳动合同有约定：按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定，但该约定的工资标准不得低于当地最低工资标准。
• 劳动合同没有约定：通常按照劳动者正常出勤月工资的70%确定，但同样不得低于当地最低工资标准。具体执行时，还需参照当地的相关规定。

四、违法辞退的赔偿

• 如果公司违法解除劳动合同，即没有法律依据或违反法定程序解除劳动合同，除了需支付正常的经济补偿外，还需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

五、实际案例与建议

• 实际案例：假设员工小张在公司工作了3年，月工资（不含加班费）为5000元，平均每月加班费为1000元。若公司合法辞退小张，则需支付的经济补偿为：5000元（月工资）×3（工作年限）=15000元。同时，公司还需支付小张应得的加班费，具体数额根据实际加班情况计算。
• 建议：若员工对补偿或加班费有异议，可通过与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工应提供能够证明加班事实的证据，如考勤记录、加班通知、工作邮件等。

综上所述，公司辞退员工时支付的补偿金一般不包括加班费，但应确保按照法律规定支付员工应得的加班费和经济补偿（或赔偿金）。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。