若证据暗示司机拿了手机，可按以下步骤处理：

1. 固定证据：首先，要确保所掌握的证据是合法、有效且充分的。这可能包括监控录像、目击者证言、手机定位信息等。证据的收集和保存至关重要，因为它们是后续法律行动的基础。如果证据不足或存在瑕疵，可能会影响整个案件的走向。
2. 与司机沟通：在掌握了初步证据后，可以尝试与司机进行沟通，了解其是否确实拿了手机，并询问其拿手机的原因和意图。这一步的目的是尝试通过和平的方式解决问题，避免不必要的法律纠纷。如果司机承认拿了手机并愿意归还，那么问题可能就此解决。
3. 报警处理：如果司机否认拿了手机，或者虽然承认但拒绝归还，那么可以考虑向警方报案。在报案时，需要提供所掌握的证据，并详细描述事情的经过。警方将会展开调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。如果司机被证实拿了手机，那么其可能面临盗窃罪的指控。
4. 提起民事诉讼：除了报警处理外，还可以考虑向法院提起民事诉讼，要求司机归还手机并赔偿因此造成的损失。在提起诉讼前，需要准备好相关的证据材料，并撰写好起诉状。法院将会根据事实和法律规定进行审理，并作出判决。如果判决司机归还手机并赔偿损失，那么司机需要履行判决义务，否则可能会面临强制执行等法律后果。

在整个处理过程中，建议保持冷静和理性，不要采取过激的行动或言辞。同时，如果感到困惑或不确定如何处理，可以随时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。