物流公司收取司机调度管理费是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 若合同中有明确约定：如果物流公司与司机签订的合同中，明确规定了调度管理费的收取标准、方式及用途，并且司机在签订合同时对此表示同意，那么物流公司收取调度管理费就是合法的。因为合同是双方意思自治的体现，只要合同内容不违反法律法规的强制性规定，就应当受到法律的保护。

2. 若合同中无明确约定：如果合同中没有明确提及调度管理费，或者虽然提及但规定不明确，那么物流公司单方面收取该费用就可能缺乏合法依据。此时，司机有权拒绝支付，并可以与物流公司进行协商，要求明确费用标准或取消该费用。

二、法律法规角度

1. 合法性审查：即使合同中有约定，物流公司收取调度管理费也必须符合相关法律法规的规定。例如，费用标准应当合理，不能过高；收取方式应当透明，不能存在欺诈或隐瞒；费用用途应当合法，不能用于非法活动等。如果物流公司违反了这些规定，那么其收取调度管理费的行为就可能被认定为违法。

2. 行业规定与惯例：在某些行业或地区，可能存在关于调度管理费的行业规定或惯例。如果物流公司收取的费用符合这些规定或惯例，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么其收取行为就可能是合法的。但需要注意的是，行业规定或惯例不能作为违反法律法规的借口。

三、实际操作建议

1. 司机角度：司机在签订合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于费用收取的部分。如果发现合同中有不明确或不合理的地方，应当及时与物流公司进行沟通并协商修改。在合同履行过程中，如果物流公司单方面要求收取调度管理费，司机有权要求其出示合法依据，并可以根据实际情况选择是否支付。

2. 物流公司角度：物流公司在收取调度管理费时，应当确保合同中有明确约定，并且费用标准、方式及用途都符合相关法律法规的规定。同时，物流公司还应当做好费用收取的透明化工作，向司机明确说明费用的计算方式和用途，以避免不必要的纠纷。

总结来说，物流公司收取司机调度管理费是否合法，取决于合同约定、法律法规以及行业规定与惯例等多个因素。如果司机对此有疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。