结论：公司所称的“4班三运转”实际上实行“上12休24小时”的制度，是否合法需根据具体情况判断，但该制度很可能存在违反劳动法关于工作时间和休息休假规定的风险。

分析说明：

1. 关于工作时间：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制的基本要求。
   • 在您描述的情况下，“上12休24小时”意味着劳动者在连续12小时内工作，然后休息24小时。虽然从表面上看，劳动者每周的工作时间可能并未超过44小时（如果每周只工作3天，则总工作时间为36小时），但关键在于这12小时的工作时间是否连续且未得到合理的休息和补偿。
   • 如果这12小时是连续工作，且没有安排适当的休息时间（如午休、晚餐休息等），则很可能违反了劳动法关于工作时间的规定。即使总工作时间未超标，但连续长时间工作也可能对劳动者的身心健康造成损害。

2. 关于休息休假：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十八条，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动者休息休假的基本权利。
   • 在“上12休24小时”的制度下，虽然劳动者在每次工作后都有24小时的休息时间，但如果这种休息时间被频繁地打断（例如，由于工作需要而频繁地被召回工作），或者劳动者无法在这24小时内得到充分的休息和放松，那么这种休息休假制度也可能存在问题。
   • 此外，如果公司实行的是综合计算工时制或不定时工时制，需要得到劳动行政部门的批准，并且必须确保劳动者的平均工作时间和休息休假权利不受损害。如果未经批准或实施不当，同样可能违反劳动法规定。

3. 关于特殊工时制度的适用：

   • 某些特殊行业或岗位（如交通运输、邮电通信、旅游等）可能因工作性质特殊，需要实行不定时工作制或综合计算工时制。但即使如此，也必须确保劳动者的合法权益不受损害，并且需要得到劳动行政部门的批准。
   • 如果公司声称实行的是“4班三运转”的特殊工时制度，但实际执行的是“上12休24小时”且未经批准或实施不当，那么这种制度同样可能违法。

行动建议：

• 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司沟通，了解公司实行这种工时制度的具体原因和依据，以及是否得到了劳动行政部门的批准。同时，表达您对这种工时制度的担忧和不满。
• 收集证据：如果沟通无果，您可以开始收集相关证据，如工作记录、考勤表、工资单等，以证明公司实际实行的工时制度与声称的不符。
• 寻求法律援助：如果公司拒绝改正或您认为自己的权益受到了严重损害，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我可以为您提供进一步的法律咨询和帮助。

后续思考依据：

• 在判断公司工时制度是否合法时，除了考虑工作时间和休息休假的基本规定外，还需要考虑公司的特殊情况、行业特点以及是否得到了相关部门的批准等因素。
• 如果公司确实存在违法行为，劳动者有权要求公司改正并赔偿损失。同时，劳动者也可以向相关部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。