针对员工怀孕后不停请假的情况，公司需要综合考虑法律法规、员工权益以及公司运营需求，采取既合法又人性化的处理方式。以下是一些具体的建议：

一、明确请假规定与流程

首先，公司应明确规章制度中有关请假的各项规定，包括请假的流程、审批权限、不同事由请假的限制等。确保员工在请假前能够清晰了解相关规定，以便按照规定进行申请。

二、区分请假类型与原因

1. 合法请假：对于员工因怀孕而需要的产检假、病假（需提供正规医院开具的诊断证明）等，公司应依法准许，并按时支付工资。这些假期是员工的合法权益，公司不得拒绝或扣减工资。

2. 无合理事由请假：若员工没有正当理由而频繁请假，公司可依据规章制度进行处理。但在处理前，需先与员工进行沟通，了解其请假的真实原因，避免误解或歧视。

三、灵活调整工作安排

针对怀孕员工可能面临的身体不适或特殊需求，公司可在不违背法律和公司利益的前提下，适当调整工作内容或安排弹性工作时间。例如，提供更为轻松的工作环境、减少体力劳动、安排远程办公或弹性上下班时间等，以减轻员工的身体负担，同时确保其能够继续履行工作职责。

四、谨慎处理违纪情况

若员工确实违反了公司的请假制度，公司在处理时需格外谨慎。应确保规章制度是合法制定且已公示过的，处理过程要遵循法律程序，避免被认定为对怀孕女职工存在歧视。在处理结果上，公司应依法给予相应的纪律处分，并确保处分结果符合法律规定，防止引发劳动争议。

五、加强沟通与关怀

在整个处理过程中，公司应加强与员工的沟通，了解其需求和困难，提供必要的支持和帮助。同时，表达对员工的关怀和理解，让其感受到公司的温暖和包容。这有助于增强员工的归属感，促进双方的和谐关系。

综上所述，处理员工怀孕后不停请假的情况需要综合考虑多个方面，既要确保公司的正常运营，又要保障员工的合法权益。通过明确请假规定、区分请假类型与原因、灵活调整工作安排、谨慎处理违纪情况以及加强沟通与关怀等措施，公司可以更加有效地应对这一问题。