针对您提出的“违法发放不动产登记证书怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律程序和责任追究的重要事项。以下是我根据相关法律法规和实际操作流程，为您提供的详细解答：
一、违法发放不动产登记证书的情形
违法发放不动产登记证书通常指的是在不动产登记过程中，由于登记机构或申请人的违法行为，导致错误或不合法的登记证书被颁发。这可能包括但不限于：申请人提供虚假材料、登记机构审查不严、登记程序违法等。
二、处理违法发放不动产登记证书的法律依据
《不动产登记暂行条例实施细则》第八十条：
- 不动产权利人或者利害关系人申请更正登记，不动产登记机构认为不动产登记簿记载确有错误的，应当予以更正。
- 不动产权属证书或者不动产登记证明填制错误，以及不动产登记机构在办理更正登记中需要更正不动产权属证书或证明内容的，应书面通知权利人换发，并记载于登记簿。
《不动产登记暂行条例实施细则》第八十一条：
- 不动产登记机构发现不动产登记簿记载的事项错误，应通知当事人在30个工作日内办理更正登记。
- 当事人逾期不办理的，不动产登记机构应在公告15个工作日后，依法予以更正（错误登记后已办理涉及不动产权利处分的登记、预告登记和查封登记的除外）。
《不动产登记暂行条例》及相关法律法规：
- 申请人应对申请材料的真实性负责，提供虚假材料骗取不动产登记的，需承担行政处罚、民事责任乃至刑事责任。
三、处理违法发放不动产登记证书的具体步骤
发现错误或违法登记：
- 不动产登记机构或利害关系人（如原权利人、相关债权人等）发现不动产登记证书存在错误或违法情形。
申请更正登记：
- 利害关系人或不动产权利人向不动产登记机构提出更正登记申请，并提交相关证据材料。
登记机构审查与处理：
- 不动产登记机构对申请材料进行审查，确认登记簿记载确有错误的，应通知当事人办理更正登记。
- 若当事人逾期不办理，登记机构应在公告后依法予以更正。
收缴与注销违法证书：
- 对于已颁发的违法或错误的不动产登记证书，不动产登记机构应收缴并注销，同时换发正确的不动产权属证书或证明。
追究法律责任：
- 对于提供虚假材料骗取不动产登记的申请人，不动产登记机构应依法移送相关部门处理，追究其行政、民事或刑事责任。
四、预防措施与建议
- 加强审查力度：不动产登记机构应加强对申请材料的审查，确保材料的真实性和合法性。
- 完善登记程序：建立健全不动产登记程序，确保每一步都符合法律法规要求。
- 提高公众意识：通过宣传和教育，提高公众对不动产登记重要性的认识，引导申请人诚信申请。
- 加强部门协作：与相关部门建立信息共享机制，共同打击提供虚假材料骗取不动产登记的行为。
综上所述，处理违法发放不动产登记证书需要依据相关法律法规，通过更正登记、收缴与注销违法证书以及追究法律责任等步骤进行。同时，也需要加强预防措施，提高公众意识和部门协作，以共同维护不动产登记的合法性和准确性。