当发现不动产登记存在违法事实时，作为利害关系人，您可以采取以下步骤来处理：

一、申请更正登记

根据《不动产登记暂行条例实施细则》第八十条的规定，如果您作为不动产权利人或利害关系人，认为不动产登记簿记载存在错误，可以向不动产登记机构申请更正登记。不动产登记机构在审核后，如果认为不动产登记簿记载确实存在错误，且该错误登记并未涉及后续的不动产权利处分、预告登记或查封登记等，那么应当予以更正。

二、等待登记机构自行更正

同样依据《不动产登记暂行条例实施细则》第八十一条，如果不动产登记机构自身发现了登记簿记载的事项存在错误，它会通知当事人在30个工作日内办理更正登记。如果当事人逾期不办理，不动产登记机构会在公告15个工作日后，依法进行更正，但同样需要排除错误登记后已经办理了涉及不动产权利处分的登记、预告登记和查封登记的情况。

三、依法申请赔偿

如果不动产登记机构的登记错误给您造成了损害，您有权依法申请赔偿。根据《中华人民共和国民法典》第二百二十二条的规定，因登记错误造成他人损害的，登记机构应当承担赔偿责任。此外，您还可以根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，先向赔偿义务机关（即不动产登记机构）提出赔偿请求，也可以在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出。

四、追究相关责任人的法律责任

如果不动产登记机构的错误登记是由于工作人员进行虚假登记、损毁、伪造不动产登记簿、擅自修改登记事项，或有其他滥用职权、玩忽职守行为造成的，根据《不动产登记暂行条例》第三十条的规定，这些工作人员将依法受到处分，并可能需要承担赔偿责任。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

五、关注登记人员职业保障与责任保险制度

近年来，为了分散登记风险、保障不动产登记工作人员的合法权益，一些地方已经探索建立了不动产登记责任保险制度。这意味着，如果登记人员因工作失误或疏忽导致登记错误，并给您造成了损害，您可能可以通过责任保险获得一定的赔偿。因此，在处理此类问题时，您也可以关注当地是否建立了这样的制度，并了解相关的申请流程和条件。

综上所述，作为利害关系人，在发现不动产登记存在违法事实时，您可以通过申请更正登记、等待登记机构自行更正、依法申请赔偿、追究相关责任人的法律责任以及关注登记人员职业保障与责任保险制度等途径来维护自己的合法权益。