结论前置：公司申请二次工伤鉴定后，双方仍然可以协商解决工伤赔偿问题。

详细分析：

1. 二次工伤鉴定的性质与目的：

   • 二次工伤鉴定，通常是在初次工伤鉴定结果出来后，因一方（如公司或员工）对鉴定结果有异议而申请的再次鉴定。其目的在于通过更权威、更专业的机构或专家，对工伤情况进行再次评估，以确定更准确的伤残等级或工伤认定。

2. 协商的法律基础与可能性：

   • 协商是解决民事纠纷的一种常见方式，它基于双方的自愿和互谅互让原则。在工伤赔偿问题上，即使公司已经申请了二次工伤鉴定，这并不妨碍双方在等待鉴定结果期间或结果出来后，就赔偿事宜进行协商。
   • 协商的好处在于，它可以快速、灵活地解决纠纷，避免长时间的诉讼或仲裁程序，减少双方的时间和精力消耗。同时，协商结果往往更能体现双方的意愿和利益平衡。

3. 协商的注意事项：

   • 自愿性：协商必须基于双方的自愿，任何一方都不得强迫对方接受不合理的赔偿方案。
   • 合法性：协商内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律强制性规定或公序良俗。
   • 书面记录：为了保障双方的权益，协商结果最好以书面形式记录下来，并由双方签字确认。这样，在后续的执行过程中，如果发生争议，可以作为证据使用。

4. 协商与二次工伤鉴定结果的关系：

   • 二次工伤鉴定结果出来后，如果双方对结果无异议，那么可以根据鉴定结果进行协商赔偿。如果一方对结果有异议，但仍然愿意通过协商解决，那么双方可以在尊重鉴定结果的基础上，结合实际情况进行协商。
   • 如果协商不成，双方仍然可以通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。但在此之前，协商作为一种更温和、更灵活的解决方式，值得双方尝试。

法律建议：

• 在公司申请二次工伤鉴定后，如果你作为员工方，愿意与公司协商解决赔偿问题，可以主动提出协商请求，并明确表达自己的赔偿意愿和底线。
• 在协商过程中，要保持冷静和理性，避免情绪化决策。同时，要充分了解自己的权益和法律法规的规定，确保协商结果不损害自己的合法权益。
• 如果协商不成或协商过程中遇到困难，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

可能后果：

• 如果双方能够成功协商解决工伤赔偿问题，那么可以节省大量的时间和精力，同时避免不必要的法律纠纷。
• 如果协商不成，双方可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷。这可能会增加双方的时间和精力消耗，并可能产生额外的法律费用。因此，在协商不成的情况下，建议双方谨慎考虑法律途径的选择。