核心结论：代发工资扣了但员工两天没到账，可按以下步骤处理：先与代发机构沟通查明原因，若无法解决可向劳动监察部门投诉，必要时还能通过法律途径维权。以下是详细说明：

1. 与代发机构沟通

   • 及时联系：第一时间与负责代发工资的机构（如银行、第三方支付平台等）取得联系，向其说明员工工资未到账的具体情况，包括应发工资的员工姓名、工资数额、代发时间等关键信息。
   • 要求查明原因：要求代发机构详细调查工资未到账的原因，例如是否是系统故障、操作失误、账户信息错误等。代发机构有义务对资金流转情况进行查询和解释。
   • 协商解决方案：根据查明的原因，与代发机构协商解决方案。如果是系统故障或操作失误，要求其尽快补发工资；如果是账户信息错误，及时提供正确的账户信息以便重新发放。

2. 向劳动监察部门投诉

   • 准备材料：如果与代发机构沟通后问题仍未得到解决，员工可以向当地劳动监察部门投诉。在投诉前，需要准备好相关材料，如劳动合同、工资条、代发工资的协议（如果有）、与代发机构沟通的记录等，以证明工资未到账的事实。
   • 提交投诉：携带准备好的材料前往当地劳动监察部门，填写投诉表格，详细陈述事情的经过和诉求。劳动监察部门会对投诉进行受理和调查。
   • 配合调查：在劳动监察部门调查过程中，积极配合其工作，提供必要的协助和信息。劳动监察部门会根据调查结果，责令用人单位或代发机构限期支付工资。

3. 通过法律途径维权

   • 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果未能满足员工的诉求，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请仲裁时，需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。劳动争议仲裁委员会会依法进行审理，并作出裁决。
   • 提起诉讼：如果对劳动仲裁裁决不服，员工可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院会根据事实和法律规定进行审理，并作出判决。

温馨提示：在整个处理过程中，员工要注意保留好相关证据，如与代发机构的沟通记录、工资条、劳动合同等，以便在需要时维护自己的合法权益。如果还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。