结论：当合同中约定了倒班制度但员工不同意时，处理方式需根据具体情况而定，包括合同条款的合法性、员工不同意的原因以及双方协商的可能性等多个方面。以下是从不同角度给出的详细分析：
一、合同条款的合法性审查
合同条款是否违反法律法规：
- 首先，需要审查合同中关于倒班制度的条款是否违反了国家法律法规的强制性规定。例如，是否违反了《劳动法》中关于工作时间、休息休假、劳动安全卫生等方面的规定。
- 如果合同条款违反了法律法规，那么该条款是无效的，员工有权拒绝执行，并可以要求用人单位按照法律法规的规定进行调整。
合同条款是否公平合理：
- 即使合同条款没有违反法律法规，也需要审查其是否公平合理。例如，倒班制度是否过于频繁，是否影响了员工的正常生活和休息，是否给予了员工相应的补偿等。
- 如果合同条款显失公平，员工可以依据《劳动合同法》的相关规定，与用人单位协商变更合同内容，或者向劳动争议调解仲裁机构申请调解、仲裁。
二、员工不同意的原因分析
个人原因：
- 员工可能因为个人健康、家庭原因等无法适应倒班制度。在这种情况下，员工可以与用人单位进行沟通，说明自己的情况，并尝试协商调整工作安排。
- 如果用人单位能够体谅员工的困难，并作出合理的调整，那么问题可能得到妥善解决。
对倒班制度的不满：
- 员工可能对倒班制度本身存在不满，认为其不合理或不利于自己的职业发展。在这种情况下，员工可以表达自己的意见和建议，与用人单位进行协商。
- 如果协商无果，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向劳动争议调解仲裁机构申请调解、仲裁，或者向人民法院提起诉讼。
三、双方协商的可能性与策略
积极沟通协商：
- 无论是出于何种原因，员工都应该首先与用人单位进行积极沟通协商，尝试找到双方都能接受的解决方案。
- 在协商过程中，员工可以提出自己的合理诉求和期望，同时也要听取用人单位的意见和解释，寻求共识。
寻求第三方调解或仲裁：
- 如果双方协商无果，员工可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。这些机构可以提供专业的调解或仲裁服务，帮助双方达成和解或作出公正的裁决。
- 在选择调解或仲裁机构时，员工应该了解其资质和信誉，确保自己的权益得到妥善保护。
四、法律后果与风险提示
员工拒绝执行合同条款的法律后果：
- 如果员工无正当理由拒绝执行合同中约定的倒班制度，且该条款合法有效，那么员工可能构成违约行为。
- 用人单位有权依据合同约定和法律法规的规定，对员工进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。
用人单位违法调整工作安排的法律后果：
- 如果用人单位违反法律法规或合同约定，单方面调整员工的工作安排（如强制倒班），那么员工有权拒绝执行，并可以要求用人单位承担相应的法律责任。
- 在这种情况下，员工可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解、仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
建议：当合同中约定了倒班制度但员工不同意时，双方应该首先进行积极沟通协商，尝试找到双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可以寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。在任何情况下，都应该遵守法律法规和合同约定，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。