首先明确结论：行政争议案件二审若被认为违反《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项，通常意味着二审法院在改判时可能存在法律适用错误或事实认定不清等问题，但这并不意味着二审法院一定会被认定为违法，具体需结合案件实际情况分析。以下是对该问题的详细解释：

一、《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项的内容

《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项规定：“原判决认定基本事实不清、证据不足的，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判。”这一条款是二审法院在审理行政争议案件时，对一审判决进行审查后，认为一审判决存在事实认定不清或证据不足时，可以采取的处理方式。

二、二审违反该条款的可能情形

1. 法律适用错误：

   • 二审法院在改判时，可能错误地适用了法律条款，导致判决结果与案件事实不符。例如，本应适用某一特定法律条款，但二审法院却适用了另一条款，从而影响了判决的公正性和合法性。

2. 事实认定不清：

   • 二审法院在审查一审判决时，可能发现一审法院对案件事实的认定存在不清或模糊之处。然而，二审法院在改判时，如果未能充分查清事实，或者对事实的认定仍然存在争议，就可能违反该条款。

3. 证据不足：

   • 一审判决可能因证据不足而被二审法院认为存在问题。但二审法院在改判时，如果未能充分补充证据或未能对现有证据进行充分分析，就可能导致判决结果缺乏充分的证据支持，从而违反该条款。

三、二审违反该条款的法律后果

1. 发回重审：

   • 如果二审法院认为一审判决存在上述问题，且这些问题足以影响判决的公正性和合法性，那么二审法院可以依据该条款将案件发回原审人民法院重审。

2. 改判：

   • 二审法院也可以在查清事实后，直接对案件进行改判。但改判必须基于充分的事实和法律依据，否则就可能违反该条款。

3. 程序违法与实体违法：

   • 需要注意的是，二审法院违反该条款可能涉及程序违法或实体违法。程序违法主要指二审法院在审理过程中违反了法定程序；实体违法则指二审法院的判决结果在实体上违反了法律规定。

四、具体案例分析（假设性）

假设一个行政争议案件中，一审法院认定被告行政机关的行为违法，并判决被告承担赔偿责任。二审法院在审理时，认为一审法院对案件事实的认定存在不清之处，且证据不足。然而，二审法院在未能充分查清事实或补充证据的情况下，直接改判被告不承担赔偿责任。这种情况下，二审法院的判决就可能违反了《行政诉讼法》第八十九条第四款第三项的规定。

五、建议与措施

1. 充分准备证据：

   • 在行政争议案件中，当事人应充分准备证据，确保案件事实清晰、证据充分。这有助于在一审和二审中维护自己的合法权益。

2. 仔细审查判决：

   • 当事人应仔细审查一审和二审的判决，如果发现判决存在事实认定不清、证据不足或法律适用错误等问题，可以及时提出上诉或申请再审。

3. 寻求专业法律帮助：

   • 在处理行政争议案件时，当事人可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见和诉讼策略，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。

最后需要强调的是，每个行政争议案件都有其独特的事实和法律背景，因此不能简单地根据一条法律条款来判断二审法院的判决是否违法。如果当事人对二审判决有异议，建议直接向我咨询，我会根据案件的具体情况提供专业的法律意见。