当员工自动离职时，工资的结算是一个需要严格遵循相关法律法规及企业规章制度的过程，以确保合法合规且公平合理。以下是对这一问题的详细解答：
一、工资结算的基本原则
按实际出勤结算： 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，即使员工自动离职，用人单位也应按照其实际出勤天数或完成的工作量来结算工资。
遵循劳动合同约定： 如果劳动合同中有明确约定工资支付方式和条件，应优先按照合同约定执行。这包括工资的计算方式、支付时间等。
遵守最低工资标准： 结算的工资不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活的重要措施。
二、工资结算的具体步骤
核对考勤记录： 确认员工的实际出勤天数或工作时长，这是计算工资的基础。
计算应发工资： 根据员工的岗位工资、绩效工资、加班费等各项收入，计算出应发工资总额。加班工资的计算应遵循法定标准，如平日加班按1.5倍工资，周末加班按2倍工资，法定节假日加班按3倍工资。
扣除应扣款项： 在应发工资中扣除个人所得税、社保个人缴纳部分、公积金个人缴纳部分等法定应扣款项。同时，如果员工因个人原因给公司造成损失，公司可按照合法有效的规章制度从工资中扣除相应费用，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
确定实发工资： 应发工资减去应扣款项后，即为实发工资。
发放工资： 用人单位应在员工离职时一次性结清其所有应得工资，最晚不超过离职后的下一个工资支付周期。支付方式通常通过银行转账或现金支付，确保员工能够及时收到。
三、特殊情况处理
工作交接未完成： 如果员工自动离职前未完成工作交接，用人单位可以暂不发放工资，直至工作交接完成。但需注意，这种做法必须合法合规，不能以此为由无限期拖延工资发放。
奖金、津贴等发放： 对于奖金、津贴等工资性收入，若员工符合发放条件（如已完成特定工作任务或达到业绩要求），用人单位应予以发放；若与出勤挂钩，则按比例发放。
押金退还： 如果公司在员工入职时收取了押金，应在员工离职时全额退还。
四、维护权益途径
若用人单位拒绝支付或未按时支付工资，员工可通过以下合法途径来维护自身权益：
综上所述，员工自动离职时工资的结算是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障；同时，员工也应了解自身权利，必要时采取合法手段维护权益。