针对合作企业未按股份比例借款这一情况，核心处理方式需结合合作协议约定、各方协商及法律救济途径综合判断，具体分以下几种情况说明：

1. 若合作协议中明确约定了借款比例及违约责任

• 处理原则：以协议约定为准，违约方需承担约定责任。
  
• 具体操作：
  
  • 首先核查合作协议中关于借款比例、决策程序、违约责任（如违约金、赔偿损失等）的条款；
    
  • 若一方未按约定比例借款，其他方可依据协议要求其补足差额或承担违约责任；
    
  • 若违约方拒不履行，可通过诉讼或仲裁（依协议约定）主张权利，要求其继续履行或赔偿损失。
    
• 法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。

2. 若合作协议未约定借款比例，但约定了决策程序（如股东会/董事会决议）

• 处理原则：以合法有效的决策程序为准，未按程序借款可能构成程序违法。
  
• 具体操作：
  
  • 检查借款决策是否符合公司章程或合作协议约定的程序（如表决权比例、通知方式等）；
    
  • 若借款未通过合法程序决策，其他方可主张该借款行为无效或要求重新决策；
    
  • 若借款已实际发生，可要求借款方说明资金用途，并协商调整借款比例或补充决策文件。
    
• 法律依据：根据《公司法》第4十三条（有限责任公司）或第111条（股份有限公司），重大事项需经代表一定比例表决权的股东通过，否则决议可能被撤销。

3. 若既无协议约定也无决策程序，仅按实际出资或口头约定借款

• 处理原则：以实际公平原则为主，但需防范法律风险。
  
• 具体操作：
  
  • 收集各方实际出资、借款用途、合作贡献等证据，证明未按比例借款的合理性（如某方资金紧张、项目急需等）；
    
  • 优先通过协商调整借款比例或补充协议，明确各方权利义务；
    
  • 若协商不成，可主张按实际出资比例分担借款责任，但需注意：
    

       - 若借款用于合作项目，可能被认定为共同债务，各方需按出资比例承担；  
       - 若借款为某方个人使用，可能被认定为个人债务，其他方无需承担。  
    

• 风险提示：口头约定或实际行为在法律上可能被认定为“事实合同”，但举证难度较大，建议尽快补签书面协议。

4. 若借款行为损害合作企业或其他方利益

• 处理原则：可主张侵权责任或撤销借款行为。
  
• 具体操作：
  
  • 若借款方通过不正当手段（如伪造决议、隐瞒信息）获取借款，其他方可主张其行为无效；
    
  • 若借款导致合作企业资金链断裂或项目失败，可要求借款方赔偿损失；
    
  • 若借款方为关联方（如控股股东），需警惕利益输送，可依据《公司法》第21条主张其承担赔偿责任。
    
• 法律依据：根据《民法典》第154条，恶意串通损害他人权益的民事法律行为无效。

总结建议

1. 优先协商：通过沟通调整借款比例或补充协议，避免矛盾激化；
   
2. 固定证据：保存合作协议、决策文件、借款凭证、沟通记录等，以备后续维权；
   
3. 法律途径：若协商无果，可依据协议约定或法律规定，通过诉讼/仲裁主张权利。
   

如有具体协议条款或案件细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。