违规持有贷款企业股份的处理方式主要包括追究刑事责任、行政责任以及民事责任。以下是对此问题的详细分析：
一. 刑事责任
若违规持有贷款企业股份的行为构成犯罪，如非法经营罪等，需依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条，违反国家规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。虽然该条款未直接提及违规持有贷款企业股份，但违规持有行为若涉及非法经营、扰乱市场秩序等情形，可能构成该罪。
二. 行政责任
如果违规持有贷款企业股份尚未构成犯罪，但违反了相关行政法规，则需承担行政责任。具体处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得等。这些处罚措施将依据相关行政法规的规定执行。例如，若违规持有行为违反了证券市场的相关规定，证券监管机构有权对违规者进行行政处罚。
三. 民事责任
违规持有贷款企业股份可能损害公司、其他股东或债权人的利益，因此需依法承担民事责任。根据《中华人民共和国公司法》第二十条，公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。若公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。这意味着，违规持有者需对因其违规行为造成的损害进行赔偿。
四. 具体处理建议
立即停止违规行为：一旦发现违规持有贷款企业股份的行为，应立即停止，以避免进一步的法律后果。
主动配合调查：若相关部门对此事进行调查，应主动配合，如实陈述事实，提供相关证据材料。
寻求专业法律帮助：鉴于违规持有贷款企业股份可能涉及复杂的法律问题和严重的法律后果，建议寻求专业律师的帮助，以制定合适的应对策略。
我的观点是，违规持有贷款企业股份是一种严重的违法行为，不仅可能面临刑事责任、行政责任和民事责任的追究，还可能对个人声誉和职业生涯造成不可估量的损害。因此，应严格遵守相关法律法规，避免此类行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。