在宅基地存在纠纷的情况下，直接办理宅基地相关证件（如宅基地使用证）通常是不合法的，需要先解决纠纷再办证。以下从不同角度为你详细分析：
纠纷未解决直接办证可能面临的法律问题
办证程序受阻：
- 宅基地办证通常需要提交一系列材料，包括宅基地使用申请、身份证明、宅基地权属证明等。在存在纠纷的情况下，权属证明可能无法顺利出具，或者即使出具也可能因纠纷而被质疑其有效性，从而导致办证程序无法顺利进行。
证件效力存疑：
- 如果在纠纷未解决的情况下强行办证，所取得的证件可能因权属不清而面临被撤销或宣告无效的风险。这不仅会浪费你的时间和精力，还可能给你带来不必要的法律纠纷和经济损失。
法律责任承担：
- 在宅基地纠纷中，如果一方通过不正当手段（如伪造证据、隐瞒事实等）办理了宅基地证件，一旦被发现，将可能面临法律责任，包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
纠纷解决后再办证的合法途径
协商解决：
- 双方当事人应直接沟通，互谅互让，尝试达成一致。例如，甲乙两家因宅基地边界产生争议，可以依据宅基地使用证明确权益范围，协商确定边界，并签订书面协议。协议签订后，再按照正常程序办理宅基地证件。
人民调解：
- 若协商不成，可以向村民委员会或乡（镇）人民政府等第三方调解组织申请调解。调解组织将听取双方陈述，调查核实情况，提出调解方案。双方接受后签订调解协议，并按照协议内容解决纠纷。纠纷解决后，再办理宅基地证件。
行政处理：
- 个人之间或个人与单位之间的宅基地纠纷，可以向乡级或县级以上人民政府提交书面处理申请，附上相关证据材料。政府部门将进行调查取证，并根据法律法规和政策规定作出处理决定。对处理决定不服的，可以在接到通知之日起三十日内向上一级人民政府申请行政复议，或者在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。待纠纷解决后，再按照正常程序办理宅基地证件。
办证前的准备工作与注意事项
保留好相关证据：
- 在处理宅基地纠纷和办理宅基地证件的过程中，务必保留好宅基地使用证、房屋产权证、土地承包合同等相关证据。这些证据将有助于证明你的权益范围，避免在纠纷解决和办证过程中陷入被动。
遵守法律法规和程序规定：
- 在纠纷解决和办证过程中，应严格遵守法律法规和程序规定。避免采取过激或不合法的行为，如伪造证据、隐瞒事实等。这些行为不仅可能导致办证失败，还可能给你带来法律责任。
咨询专业律师（此条根据约束条件调整为）：有问题可以直接向我咨询：在处理复杂的宅基地纠纷和办证问题时，建议寻求专业律师的帮助。我可以为你提供专业的法律意见和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。
综上所述，与邻居宅基地有纠纷时，直接办理宅基地相关证件是不合法的。你需要先通过协商、调解或行政处理等途径解决纠纷，待纠纷解决后再按照正常程序办理宅基地证件。在处理过程中，务必保留好相关证据并遵守法律法规和程序规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。