在交通事故医疗费用和工伤医疗费赔偿中，商业险赔偿的医药费一般不可重复扣除，但具体能否扣除及扣除哪一方的赔偿，需根据实际情况和法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：
一、交通事故医疗费用赔偿与商业险的关系
在交通事故中，如果肇事方购买了商业险（如第三者责任险），那么受害方因事故产生的医疗费用，在肇事方责任范围内，可以由商业险进行赔偿。这种赔偿是基于侵权责任原则，即肇事方因其过错行为导致受害方受伤，应承担相应的赔偿责任。商业险的赔偿，实际上是在肇事方承担责任的基础上，由保险公司代为履行赔偿义务。
二、工伤医疗费赔偿与商业险的关系
如果受害方同时构成工伤，那么其医疗费用还可以根据工伤保险的相关规定进行赔偿。工伤保险是一种社会保险制度，旨在保障职工在工作中遭受事故伤害或患职业病时，能够获得医疗救治和经济补偿。工伤医疗费的赔偿，是基于劳动关系和工伤保险制度，与交通事故的侵权责任赔偿是两个独立的法律关系。
三、商业险赔偿的医药费能否扣除及扣除哪一方
不可重复扣除原则：
- 在一般情况下，受害方因同一事故产生的医疗费用，不能同时获得交通事故赔偿和工伤赔偿中的重复赔偿。即，如果商业险已经赔偿了部分或全部医疗费用，那么这部分费用在工伤赔偿中通常不再重复计算。
- 然而，这并不意味着商业险赔偿的医药费可以直接扣除某一方的赔偿。实际上，更准确的说法是，受害方在获得商业险赔偿后，其剩余的、未获赔偿的医疗费用（如果有的话），仍然可以根据工伤保险的相关规定进行申请赔偿。但需要注意的是，如果商业险赔偿已经覆盖了全部医疗费用，那么工伤赔偿中就不再涉及医疗费用的赔偿问题。
具体扣除情况分析：
- 如果商业险赔偿不足：即商业险赔偿的金额低于受害方实际产生的医疗费用，那么受害方可以就剩余部分向工伤保险机构申请赔偿。在这种情况下，不存在扣除哪一方赔偿的问题，而是根据各自的责任和赔偿范围进行补充赔偿。
- 如果商业险赔偿充足：即商业险赔偿的金额等于或高于受害方实际产生的医疗费用，那么受害方在获得商业险赔偿后，通常不再就医疗费用向工伤保险机构申请赔偿。因为此时受害方的医疗费用已经得到了充分的赔偿，无需再通过其他途径进行补充。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如受害方与肇事方或保险公司就赔偿问题存在争议，或者受害方认为工伤保险赔偿不足等，可能需要通过法律途径来解决。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据相关法律法规和案件事实，对赔偿问题进行裁决或调解。
四、法律建议
- 及时保留证据：受害方在发生事故后，应及时保留所有与医疗费用相关的证据，如医疗费发票、诊断证明、用药清单等，以便在申请赔偿时提供证明。
- 了解赔偿流程：受害方应了解交通事故赔偿和工伤赔偿的流程和规定，以便在需要时能够及时申请赔偿。
- 咨询专业律师：如果受害方在赔偿问题上存在疑问或争议，建议咨询专业律师，以便获得更准确的法律意见和帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。