当复议机关认定程序违法后，您可以根据具体情况，采取以下一系列措施来维护自身合法权益，确保行政程序的正当性、合法性和公正性：
一、明确违法性质与责任
首先，您需要明确复议机关所认定的程序违法具体涉及哪些方面，以及这种违法行为可能带来的法律后果。这有助于您更准确地判断后续应采取的维权措施。根据相关法律法规，程序违法可能涉及未按时送达文书、未给予充分陈述和申辩机会、强拆程序不合法等多种情形，每种情形都可能对应不同的责任追究方式。
二、与复议机关或相关行政机关沟通协商
向复议机关反映并要求纠正：
- 如果您认为复议机关在程序上存在违法，如未遵循合法、公正、公开、及时、便民的原则，您可以向复议机关明确指出具体问题，并要求其依法重新进行复议，确保您的知情权和参与权得到保障。
与实施违法行为的行政机关沟通：
- 如果复议机关确认的是其他行政机关的程序违法，如强拆程序违法，您可以主动与该行政机关联系，书面提出赔偿诉求，详细列明因违法行为造成的各项损失及其计算依据。同时，争取合理的安置方案，确保您的居住权益或其他相关权益得到妥善保障。
三、申请国家赔偿
准备申请材料：
- 收集并整理国家赔偿申请书、行政复议决定书、损失证明等证据材料。损失证明应尽可能详细，包括房屋产权证、物品照片或视频、购买凭证、停产停业合同及财务记录等，以充分证明您的损失情况。
提交申请与跟进：
- 将申请材料提交给赔偿义务机关，一般为实施违法行为的行政机关或其上级机关。注意在法定期限内提出申请，并主动跟进赔偿申请的进展情况，及时了解赔偿决定。
四、提起行政诉讼或行政赔偿诉讼
行政诉讼：
- 如果复议机关的程序违法对您的权益产生了实际影响，且其他途径无法有效解决时，您可以向人民法院提起行政诉讼，要求撤销违法的复议决定，并要求复议机关重新作出复议决定。
行政赔偿诉讼：
- 如果行政机关逾期未作出赔偿决定，或赔偿决定不合理、不公正，您可以在规定期限内向有管辖权的人民法院提起行政赔偿诉讼。在诉讼过程中，您需要充分展示证据，说明损失情况及行政机关应承担的赔偿责任。
五、关注执行情况并防止再犯
关注执行情况：
- 无论通过何种途径获得赔偿决定或判决，您都需要积极主动跟进执行情况。如果行政机关不履行赔偿义务，您可以向法院申请强制执行，确保您的合法权益得以实现。
防止类似事件再次发生：
- 行政复议机关和相关行政机关应重新审查相关决策过程，深入分析违法行为背后的原因，加强内部管理和监督，建立健全长效机制，防止类似事件再次发生。
综上所述，当复议机关认定程序违法后，您可以通过明确违法性质与责任、与复议机关或相关行政机关沟通协商、申请国家赔偿、提起行政诉讼或行政赔偿诉讼以及关注执行情况并防止再犯等多措并举来维护自身合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。