当遇到甲方和开票主体不一致的情况时，处理方式主要依赖于具体的情境和相关的法律法规。以下是根据不同情境提供的详细处理方法：

一、开票主体与合同主体不一致

1. 审查合同条款：

   • 首先，应仔细审查合同条款，确认是否有关于开票主体的特别约定。
   • 如果合同中有明确约定允许开票主体与合同主体不一致，并规定了相应的处理方式，则按照合同约定执行。

2. 关联方或受托方开票：

   • 如果开票主体是合同主体的关联方或受托方，并且能够提供相关证明文件（如代理协议、授权委托书等），说明其有权代合同主体开具发票，那么在这种情况下，可以接受该发票。

3. 完全无关的开票主体：

   • 如果开票主体与合同主体完全无关，且无法提供相关证明文件来证明其有权代开发票，那么应当拒绝接受该发票，并要求合同主体重新开具正确的发票。

二、开票主体与实际交易主体不一致

1. 核实交易情况：

   • 在这种情况下，需要特别警惕是否存在虚开发票等违法行为。
   • 应核实实际交易情况，包括交易的真实性、合法性以及交易双方的身份和关系。

2. 举报违法行为：

   • 如果发现存在虚开发票等违法行为，应当及时向税务机关举报，并配合税务机关进行调查处理。

3. 接受合法代开：

   • 如果实际交易主体能够提供相关证明文件（如代理协议、授权委托书、交易确认书等），说明其有权代开票主体开具发票，并且交易真实合法，那么在这种情况下，可以接受该发票。

总结与建议

• 在处理甲方和开票主体不一致的问题时，应严格遵守相关法律法规和税务规定。
• 建议在签订合同时，明确约定开票主体的相关信息和开票要求，以避免后续出现不必要的纠纷。
• 如果遇到复杂或不确定的情况，建议咨询专业的法律或税务顾问，以确保处理的合法性和合规性。

通过以上方法，您可以根据具体情况灵活处理甲方和开票主体不一致的问题，并确保交易的合法性和合规性。